<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><br><br>--- On <b>Mon, 3/8/09, Justin A. Lemkul <i>&lt;jalemkul@vt.edu&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] analysis of result<br>To: "Gromacs Users' List" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Date: Monday, 3 August, 2009, 8:23 PM<br><br><div class="plainMail"><br><br>Samik Bhattacharya wrote:<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; --- On *Mon, 3/8/09, Justin A. Lemkul /&lt;<a ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" href="/mc/compose?to=jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;/* wrote:<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;From: Justin A. Lemkul &lt;<a ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" href="/mc/compose?to=jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Subject: Re: [gmx-users] analysis of
 result<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Date: Monday, 3 August, 2009, 5:03 PM<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Samik Bhattacharya wrote:<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt; hi i have completed the process of simulating a protein in a<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;lipid environmant... now in the analysis part i have generated some<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;graphical representations of the angle, RMSD etc. but from that i<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;cant conclude about the success of the simulation.....is there any<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;thing (research papers, namely) whcih can provide ideas about how to<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;reach conclusion from the analysed data.....really need some help<br>&gt;&nbsp;
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;regarding this matter....<br>&gt; <br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Everyone's conclusions are going to be different based on the<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;question they are trying to answer.&nbsp; The necessary analysis should<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;be derived from this question.&nbsp; Such decisions should be made before<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;running the MD :)<br>&gt; <br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;-Justin<br>&gt; <br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt; Thank You<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt; Shamik<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;first of all thanks a lot Justin for your reply.....obviously i<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;agree with you. i want to study the activity of some membrane<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;proteins in different environments. for that i just want to know<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;which parameters i need to consider. things which are common has<br>&gt;&nbsp;
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;already been analyzed....i just need some references to make sure<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;i'm not missing any details which could lead me to any other<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;conclusion...<br><br>A
simple literature search will turn up dozens (if not hundreds) of
useful papers related to membrane protein MD.&nbsp; There are not
necessarily any universal parameters that should be analyzed - if your
study is about activity of a membrane protein, is lateral diffusion of
lipids important?&nbsp; If the answer is no, then you've wasted your
time running the analysis and searching for papers about it :)<br><br>-Justin<br><br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;waiting for you reply..<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Thanks a lot for your time and really helpful suggestions....<br>&gt; <br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Shamik<br>&gt; <br>&gt;<span style="text-decoration: underline;"><br>
  </span>ok, thank you Justin....i got what you meant to say.... thanks you for the help...<br>
Shamik<br>
  <span style="text-decoration: underline;"></span></div></blockquote></td></tr></table><br>
      <!--3--><hr size=1></hr> Yahoo! recommends that you upgrade to the new and safer <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_ie8_1/*http://downloads.yahoo.com/in/internetexplorer/" target="_blank"> Internet Explorer 8</a>.