<br><br>Hi <br>I use Gromacs (ffG45a3) to run MD in the protein vs ligand system.<br>Then, I use Autodock to calculate the protein-ligand binding energy.<br><br><br>As I know the force fields are different between ffG45a3 and Autodock.<br>
The two different force fields explain the same system.<br><br><br>How can I explain this?<br><br>Thank you<br>Lin <br>