<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Strange...<br><br>I tested this combining procedure for other parts of the codes and there it works.<br><br>What kind of operating system are you running and what is the file system?<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Fri, 7 Aug 2009 14:49:45 +0200<br>From: qiaobf@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: Re: [gmx-users] question about mdrun -append<br><br>




  


Hi Berk,<br>
<br>
<b>The error still exist!&nbsp; </b><br>
The following process is used:<br>
1.&nbsp; revise checkpoint.c&nbsp; under the source folder&nbsp;
"~/programes/backups/gromacs-4.0.5/src/gmxlib"<br>
2.&nbsp; make -j 4<br>
3. cd ../../&nbsp; (i. e., ~/programes/backups/gromacs-4.0.5) &nbsp;&nbsp; "make
install mdrun"<br>
One of the output lines " /usr/bin/install -c -m 644 './ngmx.1'
'/data1/HLRS/dgrid/stbw0172/programes/gromacs-4.0.5/bin//share/man/man1/ngmx.1'"
says that the latest mdrun is installed in the right folder.<br>
<br>
Is there something wrong in the above process? or some further
suggestions?<br>
<br>
thanks a lot!<br>
<br>
regards,<br>
Baofu Qiao<br>
<br>
Berk Hess wrote:
<blockquote cite="mid:COL113-W59B6AE06729596AC56D09C8E0B0@phx.gbl">
  <pre>I think this might be a bug in the checkpointing code.<br>The negative number is correct, these are the lower 32 bits of the file offset.<br>But they are combined incorrectly with the higher part.<br><br>Could you try changing line 781 of src/gmxlib/checkpoint.c from:<br>outputfiles[i].offset = ( ((off_t) offset_high) &lt;&lt; 32 ) | ( (off_t) offset_low );<br>to<br>outputfiles[i].offset = ( ((off_t) offset_high) &lt;&lt; 32 ) | ( (off_t) offset_low &amp; 4294967295U );<br>recompile gmxlib and mdrun<br>and try to continue from the point that gave the error?<br>You might want to copy all the files to make sure you do not loose anything.<br><br>Please report back if this worked or not.<br><br>Berk<br><br>Date: Fri, 7 Aug 2009 12:10:04 +0200<br>From: <a class="EC_moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:qiaobf@gmail.com">qiaobf@gmail.com</a><br>To: <a class="EC_moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>Subject: Re: [gmx-users] question about mdrun -append<br><br><br><br><br><br><br>  <br><br><br>Hi Berk,<br><br><br><br>Thanks for your reply!  The result of  "gmxdump -cp T298.cpt" is given<br>as follows (the long list of x, v, E is not shown)<br><br>**************************************<br><br>number of output files = 4<br><br>output filename = T298.log<br><br>file_offset_high = 0<br><br>file_offset_low = 7228659<br><br>output filename = T298.trr<br><br>file_offset_high = 0<br><br>file_offset_low = 0<br><br>output filename = T298.xtc<br><br>file_offset_high = 0<br><br>file_offset_low = -2020699160<br><br>output filename = T298.edr<br><br>file_offset_high = 0<br><br>file_offset_low = 13270732<br><br>**************************************<br><br>But I don't know what this number means! On the other hand, another<br>system, which can be continued using "mdrun -cpi T298.cpt", gives the<br>following result of "gmxdump -cp T298.cpt"<br><br>***************************************<br><br>number of output files = 4<br><br>output filename = T298.log<br><br>file_offset_high = 0<br><br>file_offset_low = 7066641<br><br>output filename = T298.trr<br><br>file_offset_high = 0<br><br>file_offset_low = 0<br><br>output filename = T298.xtc<br><br>file_offset_high = 0<br><br>file_offset_low = 2144960064<br><br>output filename = T298.edr<br><br>file_offset_high = 0<br><br>file_offset_low = 19540796<br><br>***************************************<br><br>It seems that the difference is: there is a negative number<br>(-2020699160) in the former case. <br><br><br><br>So what should I do?<br><br><br><br>regards,<br><br><br><br><br><br>Berk Hess wrote:<br><br>  My guess would be that for some reason (which I don't know),<br>your xtc file has not been written to disk completely.<br>You can check this by using gmxdump -cp on your checkpoint file<br>and looking at the size of the xtc file.<br><br>Berk<br><br>  <br>  <br>    Date: Fri, 7 Aug 2009 10:19:35 +0200<br>From: <a class="EC_moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:qiaobf@gmail.com">qiaobf@gmail.com</a><br>To: <a class="EC_moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>Subject: [gmx-users] question about mdrun -append<br><br>Hi all,<br><br>I meet one problem when I am using mdrun -append. In some cases, the<br>following error information happens, and mdrun is halted<br>*************************************************<br>Program mdrun, VERSION 4.0.5<br>Source code file: checkpoint.c, line: 1248<br>Fatal error:<br>Truncation of file T298.xtc failed.<br>*************************************************<br>Line 1248 in checkpoint.c is the inner loop as follows<br>*********************************************************************************<br>        if(bAppendOutputFiles) {<br>                for(i=0;i&lt;nfiles;i++)  {<br>                        if(0 !=<br>truncate(outputfiles[i].filename,outputfiles[i].offset) )  {<br>                               gmx_fatal(FARGS,"Truncation of file %s<br>failed.",outputfiles[i].filename);<br>                        }<br>                }<br>        }<br>*********************************************************************************<br><br>But I don't know how to solve it. Please give some suggestions! Thanks a<br>lot!<br><br>The following script is used<br>grompp -f T298.mdp -c pre2.gro -p system.top -o T298<br>mpirun -np 40 mdrun -npme 12 -deffnm T298 -maxh 23.5<br>mpirun -np 40 mdrun -npme 12 -deffnm T298 -maxh 23.5 -cpi T298.cpt -append<br><br>regards,<br>Baofu Qiao<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    <a class="EC_moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a class="EC_moz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a class="EC_moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a class="EC_moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a class="EC_moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>    <br>  <br>  _________________________________________________________________<br>What can you do with the new Windows Live? Find out<br><a class="EC_moz-txt-link-freetext" href="http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx">http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx</a><br>  <br>  <br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    <a class="EC_moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a class="EC_moz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a class="EC_moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a class="EC_moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a class="EC_moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br><br><br>_________________________________________________________________<br>Express yourself instantly with MSN Messenger! Download today it's FREE!<br><a class="EC_moz-txt-link-freetext" href="http://messenger.msn.click-url.com/go/onm00200471ave/direct/01/">http://messenger.msn.click-url.com/go/onm00200471ave/direct/01/</a><br>  </pre>
  <pre><hr width="90%" size="4"><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    <a class="EC_moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a class="EC_moz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a class="EC_moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a class="EC_moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a class="EC_moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></pre>
</blockquote>
<br><br /><hr />What can you do with the new Windows Live? <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>Find out</a></body>
</html>