While minimising ethylene glycol, I have no defines, and constraints are set to none.  During equilibration, define is set to -DFLEXIBLE, and constraints are set to all-angles.  Which parameters would affect hydrogen bonding?<br>
<br>I have one glycerol molecule in the center of a box of 609 water molecules; what type of thermostat is reasonable for such a system?<br><br><br>Nancy<br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Aug 8, 2009 at 3:49 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
<br>
Nancy wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hello,<br>
<br>
I have successfully minimised and equilibrated ethylene glycol in a water box.  I have noticed that there seem to be no hydrogen bonds between the solute and solvent, but there are hydrogen bonds forming and breaking between solvent molecules.  Is this a normal behavior during minimsation and equilibration?<br>

<br>
</blockquote>
<br></div>
That will depend on whether or not you are position-restraining your ethylene glycol, and whether or not your parameters are consistent with the derivation of the force field.<br>
<br>
&lt;snip&gt;<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Steepest Descents converged to machine precision in 7007 steps,<br>
but did not reach the requested Fmax &lt; 10.<br>
Potential Energy  = -3.3459230e+04<br>
Maximum force     =  4.9560604e+01 on atom 4<br>
Norm of force     =  3.4399371e+00<br>
===============================================================<br>
<br>
As I believe these forces to be acceptable, I proceed to equilibration:<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
These values appear to be reasonable, yes.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
$ grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p glycerol.top -o nvt.tpr<br>
<br>
where my &quot;nvt.mdp&quot; file is:<br>
</blockquote>
<br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
rvdw        = 1.3<br>
</blockquote>
<br>
As I&#39;ve said before, this value of rvdw is not what is expected when using the G53a6 parameter set.  Unless you&#39;ve got a good reason for altering the original force field specifications, generally this is not a good idea.<div class="im">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
tcoupl        = V-rescale<br>
tc-grps        = GOL SOL<br>
</blockquote>
<br></div>
How many glycerol molecules do you have?  If it is only a small fraction of the system, this treatment of thermostats is likely not appropriate.  See here:<br>
<br>
<a href="http://oldwiki.gromacs.org/index.php/thermostats" target="_blank">http://oldwiki.gromacs.org/index.php/thermostats</a><br>
<br>
&lt;snip&gt;<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
===============================================================<br>
Step 0, time 0 (ps)  LINCS WARNING<br>
</blockquote>
<br></div>
The procedure for solving a LINCS warning is always the same.  Identify where things start to fall apart, then verify that your topology is correct, and your .mdp parameters are reasonable.  I&#39;ve made a few comments on .mdp parameters above.  As for the topology, that still remains a mystery.  Having never used topolbuild, I don&#39;t know how it assigns parameters, so it may work just fine. But in general, this is always part of the diagnosis.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
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_______________________________________________<br>
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</blockquote></div><br>