Hello,<br><br>I have successfully minimised and equilibrated two systems, one consisting of a single molecule of ethylene glycol (1,2-ethanediol) in a water box, and the other is one molecule of glycerol, also in a water box.  I am planning to proceed to simulate other sugar alcohols (e.g. erythritol, arabitol, mannitol, etc).  I used topolbuild 1.2 to generate topologies for ethanediol and glycerol, and for the various atoms in these molecules, I used charge values from methanol (the methanol tutorial included with GROMACS), i.e. +0.398 for hydroxyl hydrogens, -0.574 for oxygens, and +0.176 for the carbons.<br>
<br>Should I use these charge values for an arbitrary sugar alcohol, or should I use the charge values specified in the article:<br><br>&quot;OPLS All-Atom Force Field for Carbohydrates&quot;. Damm, W., A. Frontera, J. Tirado-Rives, and W. L. Jorgensen. 1997. J. Comput. Chem. 18:1955–1970.<br>
<br>Also, are there programs that will automatically generate charge values and other parameters for an arbitrary molecule?<br><br>Thank you.<br><br>Nancy<br><br><br><br>