<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>The status of charmm with cmap is that it is implemented and present if one does git pull. The force field files of the distribution is outdated and should not be used. Instead interested users should contact me for the latest ones (different from the ones available from "my" webpage,&nbsp;<span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><a href="http://www.dbb.su.se/User:Bjelkmar/ffcharmm">http://www.dbb.su.se/User:Bjelkmar/ffcharmm</a><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium; ">). We have tested the code and are pretty convinced that the major parts for proteins are correct (0-step energies are correct compared to charmm in charmm). However, we're still working with it and testing termini, virtual sites, implicit solvent, etc. Our aim is to release it with gromacs 4.1 (although I have broken such "promises" before on this mailing list...).&nbsp;</span></span></div><div><br></div><div>Mark&nbsp;A: Actually I'm following the list but your suspicion is a valid one regarding the number of posts I have made... :D&nbsp;</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Pär Bjelkmar</div><br><div><div>7 aug 2009 kl. 17.39 skrev <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">Hi all,<br><br>I know this has been up on the list before, but I haven't been able to<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>get some definite answer - What's the current status of the<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>implementation of CHARMM-type CMAPs? I note that people (especially P.<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>Bjelkmar as it seems) have done a great job implementing the other<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>peculiarities of the CHARMM force fields, but it's still that final<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>piece missing. There are several references to CMAP in the source code,<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>but I guess it's not fully implemented yet. I just wonder if it will be<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>ready anytime soon?<br><br>I would be glad to help anyway I can, at least by doing some testing.<br><br>Best regards,<br>Jakob Wohlert<br></span></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;</font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Pär Bjelkmar, PhD student<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">                </span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><br class="webkit-block-placeholder"></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Stockholm Center for Biomembrane Research,</font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Stockholm Bioinformatics Center,</p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Department of Biochemistry and Biophysics,</p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Stockholm University</p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><br class="webkit-block-placeholder"></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Tel:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>+46-8-16 2746<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Fax:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>+46-8-15 3679<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">E-mail: <a href="mailto:bjelkmar@cbr.su.se">bjelkmar@cbr.su.se</a><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; "></span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Home:&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; "><span class="Apple-style-span" style="white-space: normal; "><a href="http://www.dbb.su.se/User:Bjelkmar">http://www.dbb.su.se/User:Bjelkmar</a><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span></span></span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;</font></p></div></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span> </div><br></body></html>