<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
No, it should be exactly opposite.<br>I guess you must have done something wrong (forgot to run grompp or mdrun?).<br><br>Exclusions only affect non-bonded interactions.<br>Pair interactions do not influence and are not influenced by the exclusions section<br>or non-bonded interactions.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Mon, 10 Aug 2009 20:38:57 +0800<br>Subject: Re: [gmx-users] About exclusion of non-bonded interaction for pairs         of energy groups<br>From: nomadoro@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><br><br>
<div class="EC_gmail_quote">2009/8/10 Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span><br>
<blockquote style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;" class="EC_gmail_quote">
<div>
<div></div>
<div class="h5">Lee Soin wrote:<br>
<blockquote style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;" class="EC_gmail_quote">Hello!<br>Sorry to bother you again, but I have another question. I have written a<br>topology file of two water molecules to test the pair interaction. Here is<br>
part of my topology file:<br><br>[ moleculetype ]<br>SOL &nbsp;2<br>[ atoms ]<br>&nbsp;1 &nbsp;opls_116 &nbsp;1 &nbsp;SOL &nbsp;OW &nbsp;1 &nbsp;-0.82<br>&nbsp;2 &nbsp;opls_117 &nbsp;1 &nbsp;SOL &nbsp;HW1 &nbsp;1 &nbsp;0.41<br>&nbsp;3 &nbsp;opls_117 &nbsp;1 &nbsp;SOL &nbsp;HW2 &nbsp;1 &nbsp;0.41<br>&nbsp;4 &nbsp;opls_116 &nbsp;2 &nbsp;SOL &nbsp;OW &nbsp;2 &nbsp;-0.82<br>
&nbsp;5 &nbsp;opls_117 &nbsp;2 &nbsp;SOL &nbsp;HW1 &nbsp;2 &nbsp;0.41<br>&nbsp;6 &nbsp;opls_117 &nbsp;2 &nbsp;SOL &nbsp;HW2 &nbsp;2 &nbsp;0.41<br>[ settles ]<br>&nbsp;1 &nbsp;1 &nbsp;0.1 &nbsp;0.16330<br>&nbsp;4 &nbsp;1 &nbsp;0.1 &nbsp;0.16330<br>[ exclusions ]<br>&nbsp;1 &nbsp;2 &nbsp;3<br>&nbsp;2 &nbsp;1 &nbsp;3<br>&nbsp;3 &nbsp;1 &nbsp;2<br>&nbsp;4 &nbsp;5 &nbsp;6<br>&nbsp;5 &nbsp;4 &nbsp;6<br>&nbsp;6 &nbsp;4 &nbsp;5<br>
[ exclusions ]<br>1 4<br>[ pairs ]<br>&nbsp;1 &nbsp;4 &nbsp;1<br><br>I have also changed the fudgeLJ and fudgeQQ to 1.0.<br>Originally, there is no pair interaction in this system. First I did a<br>simulation when the last 4 lines were removed, that is, I treated all the<br>
interactions as non-bonded interactions. <br></blockquote><br></div></div>Since there is no bonded interaction between 1 and 4, your second [ exclusions ] directive will not have any effect. Read section 5.4. Exclusions are cancellations only of interactions between bonded atoms. 
<div class="EC_im"><br><br>
<blockquote style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;" class="EC_gmail_quote">Then I added the last 4 lines<br>to specify the normal non-bonded interaction between atom 1 and 4 as pair<br>
interaction in order to see whether that will affect the result. It turns<br>out that the results for the two cases are different. So did I miss<br>something, or are pair interactions and non-bonded interactions treated<br>
differently by GROMACS?<br></blockquote><br></div>mdrun is only reproducible if you tell it that you want it to be with "mdrun -reprod". So it is possible that your observation of different results is not (yet) meaningful.</blockquote>

<div>&nbsp;</div>
<div>Actually, I added the option "-reprod" and the results are reproducible. The results for the </div>
<div>above-mentioned two cases are always different. So I am very confused.</div>
<div>&nbsp;</div>
<blockquote style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;" class="EC_gmail_quote"><span></span><br><br>However, I believe you've merely added a second identical non-bonded interaction between 1 and 4, so you will get different results regardless.</blockquote>

<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Then I tried to remove the two lines:<br>[ exclusions ]<br>1 4<br>And retained the pair interaction that I have defined. But this lead to no difference in the </div>
<div>simulation result. Is it that the "exclusion" of non-bonded interaction between atom 1 and </div>
<div>atom 4 didn't work?<br>On the other hand, in another set of simulations, I removed the pair interaction part:<br>[ pairs ]<br>&nbsp;1&nbsp; 4&nbsp; 1<br>In this case, the presence and absence of the "exclusion" part do make a dramatic </div>

<div>difference.<br>So can this conclusion be drawn: the presence of a pair interaction automatically eliminates </div>
<div>the corresponding non-bonded interaction?</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div><br><br>Mark<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></div><br><br clear="all">
<div></div><br>-- <br>SUN Li<br>Department of Physics<br>Nanjing University, China<br><br /><hr />See all the ways you can stay connected <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>to friends and family</a></body>
</html>