<div>Hi Justin,</div>
<div>I read the section 4.6.2, so according to the section I should have groups with 0 charge, so I assigned each ch3 (total charge=0) for cgnr the same number. I still get the same Note. Should I assigned the same number for all atoms to cgnr in the atom section of itp-file?? In this way my whole molecule will consider as one group which indeed has a charge=0?? Is this true??</div>

<div>Thanks a lot/Jamie<br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Tue, Aug 11, 2009 at 11:54 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><br><br>Jamie Seyed wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi Justin, 
<div class="im"><br>Is there any information on the gmx-website that explains how I should do that? Does the tip means I should separate my original structure and the groups that I attached to it??/ Many Thanks/Jamie<br>
<br></div></blockquote><br>Please see the manual, section 4.6.2.  I don&#39;t know what you mean by separating your structure.<br><br>-Justin<br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div>
<div></div>
<div class="h5">On Mon, Aug 10, 2009 at 9:31 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>   Jamie Seyed wrote: &gt; Dear Justin, &gt; Thanks for your all valuable<br>   comments. Actually I got these 2 notes: &gt;<br>   -----------------------------------------------------------------------------------<br>
    &gt; &gt; NOTE 1 [file topol.top, line unknown]: &gt; The largest charge<br>   group contains 24 atoms. &gt; Since atoms only see each other when the<br>   centers of geometry of the charge &gt; groups they belong to are within<br>
   the cut-off distance, too large charge &gt; groups can lead to serious<br>   cut-off artifacts. &gt; For efficiency and accuracy, charge group<br>   should consist of a few atoms. &gt; For all-atom force fields use: CH3,<br>
   CH2, CH, NH2, NH, OH, CO2, CO, etc. &gt; &gt; NOTE 2 [file md.mdp, line<br>   unknown]: &gt; You are using a plain Coulomb cut-off, which might<br>   produce artifacts. &gt; You might want to consider using PME<br>   electrostatics. &gt; &gt;<br>
   ------------------------------------------------- &gt; &gt; How I can<br>   trust my results specially for first one?? Many Thanks/Jamie &gt; You<br>   should define smaller charge groups. The tip given in the note is<br>
   useful. As for note 2, never use cut-off for electrostatics. It is<br>   not as reliable as PME. -Justin &gt; &gt; &gt; On Mon, Aug 10, 2009 at 9:18<br>   PM, Justin A. Lemkul &gt; wrote: &gt; &gt; &gt; &gt; Jamie Seyed wrote: &gt; &gt; The gro<br>
   file: &gt; ------------------------- &gt; GROtesk MACabre and Sinister &gt;<br>   1836 &gt; 12 C 1 1.311 1.563 0.994 &gt; 12 C 2 1.220 1.635 1.079 &gt; 12 C 3<br>   1.092 1.565 1.081 &gt; 12 C 4 1.108 1.449 0.996 &gt; ......... &gt; &gt; 12 H<br>
   118 1.438 1.092 1.244 &gt; 12 H 119 1.413 1.098 1.426 &gt; 12 H 120 1.291<br>   1.033 1.329 &gt; 2SOL OW 121 0.569 1.275 1.165 &gt; 2SOL HW1 122 0.476<br>   1.268 1.128 &gt; 2SOL HW2 123 0.580 1.364 1.209 &gt; &gt; ....... &gt; &gt; 572SOL<br>
   HW2 1833 2.024 1.991 2.158 &gt; 573SOL OW 1834 2.290 2.286 2.382 &gt;<br>   573SOL HW1 1835 2.320 2.214 2.320 &gt; 573SOL HW2 1836 2.251 2.246<br>   2.465 &gt; 2.64467 2.64467 2.64467 &gt; &gt;<br>   ----------------------------------------- &gt; and itp-file: &gt; &gt;<br>
   ----------------- &gt; &gt; ; Include forcefield parameters &gt; &gt; [<br>   moleculetype ] &gt; ; Name nrexcl &gt; C60CH3 3 &gt; &gt; [ atoms ] &gt; ; nr type<br>   resnr residue atom cgnr charge &gt; mass typeB chargeB massB &gt; 1<br>
   opls_145 1 C60CH3 C 1 0 &gt; 12.011 ; qtot 0 &gt; 2 opls_516 1 C60CH3 C 2<br>   0 &gt; 12.011 ; qtot 0 &gt; ..... &gt; &gt; &gt; 71 78 79 69 3 1.740000e+02<br>   5.000000e+00 &gt; 3.000000e+00 1.740000e+02 5.000000e+00 3.000000e+00 &gt;<br>
   69 79 80 2 3 2.580000e+02 5.000000e+00 &gt; 3.000000e+00 2.580000e+02<br>   5.000000e+00 3.000000e+00 &gt; &gt; [ system ] &gt; ; Name &gt; C60CH3 &gt; &gt; [<br>   molecules ] &gt; ; Compound #mols &gt; C60CH3 1 &gt;<br>
   ----------------------------------------------- &gt; &gt; Oh Ok now I<br>   understand that I should remove only one of the &gt; [molecule] &gt; &gt; &gt;<br>   The [ system ] and [ molecules ] directives *only* belong in the &gt;<br>
   system .top, never in an .itp file. Remove both [ system ] and [ &gt;<br>   molecules ] from the .itp, and list the appropriate molecules in the<br>    &gt; [ molecules ] directive of the .top only. &gt; &gt; -Justin &gt; &gt;<br>
   sections in itp-file (right)?? &gt; &gt; Thanks a lot/ Please let me know<br>   if still something is &gt; missing.../Thanks/Jamie &gt; &gt; &gt; On Mon, Aug<br>   10, 2009 at 8:42 PM, Justin A. Lemkul &gt; &gt; &gt;&gt; wrote: &gt; &gt; &gt; &gt; Jamie<br>
   Seyed wrote: &gt; &gt; First I put 1000, but after editconf and genbox it<br>   has been &gt; changed to 572. I only have 1 part with SOL 572... &gt; &gt; &gt;<br>   I&#39;m thoroughly confused. There is no need to manually manipulate &gt;<br>
   these sections if you&#39;re allowing genbox, genion, etc to &gt;<br>   manipulate &gt; them for you. Please post the following information to<br>   get a &gt; resolution: &gt; &gt; 1. Your .top file &gt; 2. Your molecule.itp<br>
   file (you can delete out lines in the atoms, &gt; bonds, dihedrals<br>   section so the file is not unnecessarily &gt; long - I&#39;m &gt; really just<br>   interested in the other directives that may be &gt; present) &gt; &gt;<br>
   -Justin &gt; &gt; On Mon, Aug 10, 2009 at 8:36 PM, Justin A. Lemkul &gt; &gt; &gt;<br>    &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; wrote: &gt; &gt; &gt; &gt; Jamie Seyed wrote: &gt; &gt; Hi Justin, &gt; &gt; Thanks<br>   again... . Actully I have a question: I &gt; have 1836 &gt; atoms &gt; (572<br>
   water and 1 molecule with 120 atoms). In top &gt; of my &gt; file.gro &gt; I<br>   have 1836 and in topology in [molecules] I have &gt; c60ch3 &gt; 1; and &gt;<br>   SOL 572 which means the same as above. So how I should &gt; change it &gt;<br>
   to get rid of error...??/ &gt; &gt; &gt; The above should be correct.<br>   However, you then have &gt; in your .top &gt; you posted earlier: &gt; &gt; &gt;<br>   [molecules] &gt; molecule 1 &gt; SOL 1000 &gt; &gt; This section is probably the<br>
   source of your problem. &gt; Again, as I &gt; said before, there should<br>   only ever be one [ molecules ] &gt; section in &gt; the .top file. Sounds<br>   like you&#39;ve got two. &gt; &gt; -Justin &gt; &gt; Thank you in advance.../Jamie &gt;<br>
   On Mon, Aug 10, 2009 at 8:20 PM, Justin A. Lemkul &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt;<br>    &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; wrote: &gt; &gt; &gt; &gt; Jamie Seyed wrote: &gt; &gt; Hi Justin, &gt; Oh yes.<br>   I had a line that include ff again &gt; and I &gt; deleted that &gt; (is that<br>
   ok)? now I got a new error related to &gt; &quot;number of &gt; coordinates in<br>    &gt; &gt; &gt; That&#39;s more than OK, that&#39;s correct. As Mark &gt; pointed &gt; out,<br>   there &gt; should only ever be one invocation of [ &gt; defaults ] in &gt; a<br>
   topology. &gt; &gt; &gt; coordinate file does not match topology...&quot; I &gt;<br>   should fix this &gt; one now!! Simple one to &gt; fix. Figure out where<br>   the duplicate or &gt; missing &gt; molecules are within the topology. I&#39;m<br>
    &gt; guessing your &gt; molecule.itp &gt; was really a molecule.top,<br>   complete with [ &gt; defaults ], [ &gt; system ], &gt; and [ molecules ]<br>   directive, right? None of these &gt; should be &gt; present &gt; in an .itp<br>
   file, only a .top. &gt; &gt; -Justin &gt; &gt; Thanks a lot/Jamie &gt; &gt; &gt; On Mon,<br>   Aug 10, 2009 at 8:10 PM, Justin A. &gt; Lemkul &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>    &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; wrote: &gt; &gt; &gt; Can you post the<br>
   contents of &gt; molecule.itp? The &gt; first &gt; #include for &gt; the force<br>   field is likely not the problem; &gt; you&#39;ve probably &gt; #included &gt; it<br>   again in molecule.itp. &gt; &gt; -Justin &gt; &gt; Jamie Seyed wrote: &gt; &gt; Dear<br>
   all, &gt; I have a topology contains line as &gt; below. I &gt; do not &gt;<br>   understand &gt; what is wrong with it that I get an &gt; error &gt;<br>   ----------- &gt; Program grompp, Version 4.0.5 &gt; Source Code file:<br>
   topio.c, line: 415 &gt; Fatal error: &gt; Syntax error-File ffoplsaa.itp,<br>   line 18 &gt; last line read: &gt; &#39;[defaults]&#39; &gt; Invalid order for<br>   directive defaults &gt; -------------- &gt; according to the page &gt; &gt;<br>
   <a href="http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Errors#Found_a_second_defaults_directive_file" target="_blank">http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Errors#Found_a_second_defaults_directive_file</a><br>    &gt; I do not have twice default &gt; section... SO I &gt; do not &gt; know &gt;<br>
   exactly &gt; which files I should check... It says &gt; topology and ff. &gt;<br>   Topology &gt; that I am using in grompp is as &gt; below and the &gt;<br>   ffoplsaa.itp has &gt; only one default section... &gt; Would you please<br>
   help me to solve &gt; the problem. &gt; topol.top: ------------- &gt;<br>   #include &quot;ffoplsaa.itp&quot; &gt; #include &quot;spce.itp&quot; &gt; #include<br>   &quot;molecule.itp&quot; &gt; [system] &gt; fullerene in water &gt; [molecules] &gt;<br>
   molecule 1 &gt; SOL 1000 &gt; -------------------- &gt; Many Thanks in<br>   Advance and I &gt; appreciate your &gt; help/Jamie &gt; &gt; On Mon, Aug 10,<br>   2009 at 5:46 PM, &gt; Jamie Seyed &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;<br>
    &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt;<br>   wrote: &gt; &gt; Dear Vitaly, &gt; topol.top: ------------- &gt; #include<br>
   &quot;ffoplsaa.itp&quot; &gt; #include &quot;spce.itp&quot; &gt; #include &quot;c80ch3.itp&quot; &gt;<br>   [system] &gt; fullerene in water &gt; [molecules] &gt; C80CH3 1 &gt; SOL 1000 &gt;<br>   -------------------- &gt; my command is: &gt; grompp -f md.mdp -c f.gro -p<br>
    &gt; topol.top &gt; -o pr.tpr &gt; -maxwarn 10 &gt; Thank you for helping me<br>   out to &gt; solve the &gt; problem/ &gt; Regards/Jamie &gt; On Mon, Aug 10, 2009<br>   at &gt; 5:39 PM, &gt; Vitaly &gt; V. Chaban &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
    &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>    &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; wrote: &gt; &gt; Jamie, &gt; &gt; The idea is the same. Some &gt; directive<br>
    &gt; is not &gt; at its &gt; place. I &gt; cannot say &gt; which is exactly<br>   because I &gt; don&#39;t see &gt; all the &gt; picture with &gt; your &gt; topology<br>   file (+included files). &gt; Write the &gt; sequence of &gt; directives as &gt;<br>
   they go in .top (+included &gt; .itp) and &gt; then &gt; we will see &gt; what<br>   sections &gt; must be shifted or maybe just &gt; swapped. &gt; &gt; Vitaly &gt; &gt;<br>   On Tue, Aug 11, 2009 at 12:34 &gt; AM, Jamie &gt; Seyed &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
    &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>    &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; wrote: &gt; &gt; Hi Vitaly, &gt; &gt; When I add it back, I<br>
   got &gt; the old &gt; error &gt; &gt; ----------- &gt; &gt; Program grompp, Version<br>   4.0.5 &gt; &gt; Source Code file: topio.c, &gt; line: 415 &gt; &gt; Fatal error: &gt;<br>    &gt; Syntax error-File &gt; ffoplsaa.itp, &gt; line 18 &gt; &gt; last line read: &gt;<br>
    &gt; &#39;[defaults]&#39; &gt; &gt; Invalid order for &gt; directive defaults &gt; &gt;<br>   ----------- &gt; &gt; Now do you have any idea??? I &gt; appreciate &gt; your &gt;<br>   help/Jamie &gt; &gt; &gt; &gt; On Mon, Aug 10, 2009 at &gt; 5:22 PM, &gt; Jamie Seyed<br>
    &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>    &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; wrote: &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt; Hi Vitaly, &gt;<br>
    &gt;&gt; I did it because I read from &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;<br>   <a href="http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Errors#Found_a_second_defaults_directive_file" target="_blank">http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Errors#Found_a_second_defaults_directive_file</a><br>
    &gt; &gt;&gt; that says: &gt; &gt;&gt; &quot;One solution is to simply &gt; comment out &gt; (or<br>   delete) &gt; the lines &gt; of code out &gt; &gt;&gt; in the file where it is &gt;<br>   included &gt; for the &gt; second time &gt; i.e., &gt; ..&quot;. So if it is &gt; &gt;&gt; the<br>
   case I am going to &gt; undo it &gt; to see what &gt; happens... &gt; I will &gt;<br>   let you know. &gt; &gt;&gt; Thanks/Jamie &gt; &gt;&gt; On Mon, Aug 10, 2009 at &gt; 5:05<br>   PM, &gt; Vitaly &gt; V. Chaban &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
    &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;<br>   wrote: &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt; Why did you comment out &gt; [defaults] in &gt;<br>
   ffoplsaa.itp? The &gt; general idea &gt; &gt;&gt;&gt; is that the sections in the &gt;<br>   resulting &gt; topology file &gt; (after &gt; including &gt; &gt;&gt;&gt; #include&#39;s)<br>   must be &gt; placed in the &gt; strict order. &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
   ------------------------------------------------------------------------<br>    &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________ &gt;<br>   gmx-users mailing list &gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
</div></div>   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; 
<div class="im"><br>    &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>    &gt; Please search the archive at &gt; <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> &gt;<br>
   before posting! &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe &gt; requests to the<br>    &gt; list. Use the &gt; www interface or send it to &gt;<br></div>   <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt; 
<div class="im"><br>    &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;. &gt; &gt; Can&#39;t<br>   post? Read &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a> &gt; &gt; &gt; --<br>
    &gt; ======================================== &gt; &gt; Justin A. Lemkul &gt;<br>   Ph.D. Candidate &gt; ICTAS Doctoral Scholar &gt; Department of<br>   Biochemistry &gt; Virginia Tech &gt; Blacksburg, VA &gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a><br>
</div>   &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; &gt; &gt; &gt; | (540) &gt; &gt; 231-9080 &gt; &gt; &gt; 
<div class="im"><br>   <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a> &gt; &gt;<br>   ======================================== &gt; &gt;<br>
   _______________________________________________ &gt; gmx-users mailing<br></div>   list &gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; 
<div class="im"><br>    &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>   <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a> &gt; Please search<br>
   the archive at &gt; <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before &gt; posting! &gt;<br>   Please don&#39;t post (un)subscribe requests &gt; to the &gt; list. &gt; Use the<br>
   www &gt; interface or send it to &gt; <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; 
<div class="im"><br>    &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;. &gt; &gt; Can&#39;t post? Read &gt;<br>   <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a> &gt; &gt; &gt; &gt; --<br>
   ======================================== &gt; &gt; Justin A. Lemkul &gt;<br>   Ph.D. Candidate &gt; ICTAS Doctoral Scholar &gt; Department of<br>   Biochemistry &gt; Virginia Tech &gt; Blacksburg, VA &gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a><br>
</div>   &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; &gt; &gt; | (540) &gt; 231-9080 &gt; &gt; 
<div class="im"><br>   <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a> &gt; &gt;<br>   ======================================== &gt;<br>
   _______________________________________________ &gt; gmx-users mailing<br></div>   list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; 
<div class="im"><br>    &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a> &gt;<br>   Please search the archive at &gt; <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
    &gt; posting! &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the &gt;<br>   list. &gt; Use the www &gt; interface or send it to &gt;<br></div>   <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt; 
<div class="im"><br>    &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;. &gt; Can&#39;t post? Read &gt;<br>   <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a> &gt; &gt; &gt; &gt; --<br>
   ======================================== &gt; &gt; Justin A. Lemkul &gt;<br>   Ph.D. Candidate &gt; ICTAS Doctoral Scholar &gt; Department of<br>   Biochemistry &gt; Virginia Tech &gt; Blacksburg, VA &gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a><br>
</div>   &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; &gt; | (540) &gt; 231-9080 &gt; 
<div class="im"><br>   <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a> &gt; &gt;<br>   ======================================== &gt;<br>
   _______________________________________________ &gt; gmx-users mailing<br></div>   list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; 
<div class="im"><br>    &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a> &gt; Please<br>   search the archive at &gt; <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before &gt;<br>
   posting! &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. &gt;<br>   Use the www &gt; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
</div>   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;. &gt; Can&#39;t post? 
<div class="im"><br>   Read &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a> &gt; &gt; &gt; &gt; --<br>   ======================================== &gt; &gt; Justin A. Lemkul &gt;<br>
   Ph.D. Candidate &gt; ICTAS Doctoral Scholar &gt; Department of<br>   Biochemistry &gt; Virginia Tech &gt; Blacksburg, VA &gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a><br></div>   &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) &gt; 231-9080 &gt; 
<div class="im"><br>   <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a> &gt; &gt;<br>   ======================================== &gt;<br>
   _______________________________________________ &gt; gmx-users mailing<br></div>   list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; 
<div class="im"><br>   <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a> &gt; Please search<br>   the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before &gt; posting! &gt;<br>
   Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www &gt;<br>   interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt; &gt; &gt; &gt;. &gt; Can&#39;t post? Read 
<div class="im"><br>   <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a> &gt; &gt; &gt; &gt; -- &gt;<br>   ======================================== &gt; &gt; Justin A. Lemkul &gt;<br>
   Ph.D. Candidate &gt; ICTAS Doctoral Scholar &gt; Department of<br>   Biochemistry &gt; Virginia Tech &gt; Blacksburg, VA &gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a><br></div>   &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080 &gt; 
<div class="im"><br>   <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a> &gt; &gt;<br>   ======================================== &gt;<br>
   _______________________________________________ &gt; gmx-users mailing<br></div>   list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt; &gt; &gt; 
<div class="im"><br>   <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a> &gt; Please search<br>   the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before &gt; posting! &gt;<br>
   Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www &gt;<br>   interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt; &gt; . &gt; Can&#39;t post? Read 
<div class="im"><br>   <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a> &gt; &gt; --<br>   ======================================== Justin A. Lemkul Ph.D.<br>
   Candidate ICTAS Doctoral Scholar Department of Biochemistry Virginia<br></div>   Tech Blacksburg, VA jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 
<div class="im"><br>   231-9080 <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>   ========================================<br>
   _______________________________________________ gmx-users mailing<br></div>   list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt; 
<div class="im"><br>   <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a> Please search<br>   the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting! Please<br>
   don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface<br>   or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;. Can&#39;t post? Read 
<div class="im"><br>   <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a> <br><br></div></blockquote>
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<div class="h5"><br>-- <br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></div></blockquote></div><br>