<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear all, <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; i
want to simulate a protein solvated in water. I have downloaded the
protein&nbsp; coordinate from RCSB&nbsp; protein data bank (ID 2KB7).
These has 20 merged coordinate &amp; i have taken conformer #6. Then i
run pdb2gmx with ffG43a1 &amp; solvate the protein with spc waters.
Next i energy minimize the system with emtol=150.<br>
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
Polak-Ribiere Conjugate Gradients converged to Fmax &lt; 150 in 59 steps<br>
Potential Energy&nbsp; = -4.1081506e+05<br>
Maximum force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.3278603e+02 on atom 213<br>
Norm of force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.1614658e+01<br>
<br>
Performed 72 energy evaluations in total.<br>
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
With the energy minimized structure i then run position restraint
simulation, with fc=1000&nbsp; peptide heavy atom. It gives lots of
LINCS WARNING, wich involvs mainly backbone C O N H&nbsp; atoms. Then i
have added hydrogen bond constraints &amp; NOE distance restraints as
given in the protein data bank and also added phi psi dihedral
restraints. Even though i have got the LINCS WARNING involving backbone
C O N H.<br>
------------------my <span style="font-weight: bold;">pr.mdp</span>--------------<br>
title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; sp position restraining<br>
cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /usr/bin/cpp<br>
define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DPOSRES<br>
constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<br>
constraint_algorithm=&nbsp; lincs<br>
lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4<br>
lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>
lincs_warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 30<br>
integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<br>
dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<br>
nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 250000 ; total 1 ns<br>
nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>
nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br>
nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br>
nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>
nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br>
nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br>
nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>
ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<br>
rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>
rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>
vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Cut-off<br>
rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.2<br>
fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.12<br>
fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>
fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>
fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>
coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME<br>
pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4<br>
ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1e-5<br>
optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<br>
;distance restraints NMR refinement<br>
disre&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; simple<br>
disre_weighting&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; equal<br>
disre_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br>
disre_mixed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<br>
disre_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>
nstdisreout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5000<br>
; dihedral restraints NMR refinement<br>
dihre&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; simple<br>
dihre_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br>
dihre_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.0<br>
nstdihreout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5000<br>
; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>
Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<br>
tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>
tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL<br>
ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300<br>
; Pressure coupling is on<br>
Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<br>
tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2.0<br>
compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5<br>
ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>
pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; isotropic<br>
; Generate velocites is on at 300 K.<br>
gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<br>
gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300.0<br>
gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529<br>
----------------------------------------------------------<br>
-----------<span style="font-weight: bold;">in my top file i have added the following lines for distance restraints, dihedral restraints, position restraints</span>.....................................<br>
<br>
[ distance_restraints ]<br>
; ai aj type index type' low&nbsp; up1&nbsp; up2&nbsp; fac<br>
; HBONDS constraints<br>
&nbsp; 40 80&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15 0.23 0.25 1.0<br>
&nbsp; 79 40&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.23 0.34 0.36 1.0<br>
&nbsp;.....................................................<br>
...........................................................<br>
; NOE<br>
&nbsp; 29&nbsp; 19 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 58&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.18 0.50 0.52 1.0<br>
&nbsp; 42&nbsp; 19 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 59&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.18 0.50 0.52 1.0<br>
&nbsp; 42&nbsp; 29 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 60&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.18 0.28 0.30 1.0<br>
&nbsp; .....................................................<br>

...........................................................<br>
[ dihedral_restraints ]<br>
; ai aj ak al type label phi dphi kfac power<br>
;phi<br>
&nbsp;7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;
16&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -126.0&nbsp;&nbsp;
5&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2<br>
&nbsp;16&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -65.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp; 2<br>
&nbsp;26&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp; 30&nbsp;&nbsp; 39&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -61.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp; 2<br>
 .....................................................<br>


...........................................................<br>
; psi<br>
&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;
9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -49.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;
5&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2<br>
&nbsp;9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 147.2&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp; 2<br>
 .....................................................<br>



...........................................................<br>
; Include Position restraint file<br>
#ifdef POSRES<br>
#include "posre.itp"<br>
#endif<br>
--------------------------------<span style="font-weight: bold;">errors in pr.log</span>-------------------------------<br>
 .....................................................<br>




.........................................................<br>
Max number of graph edges per atom is 4<br>
There are 130 distance restraints involving 136 atom pairs<br>




.........................................................<br>
There are 1 dihedral restraints involving 107 atom quartets<br>




.........................................................<br>
Step 122, time 0.244 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>
relative constraint deviation after LINCS:<br>
max 0.992379 (between atoms 114 and 115) rms 0.042239<br>
bonds that rotated more than 30 degrees:<br>
&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 114&nbsp;&nbsp;&nbsp; 115&nbsp;&nbsp;
90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1001&nbsp;&nbsp;
0.1992&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>
Constraint error in algorithm Lincs at step 122<br>




.......................................................<br>
<br>
wating for suggestion to solve this problem.<br>
<br>
<br>
</td></tr></table><br>Send free SMS to your Friends on Mobile from your Yahoo! Messenger. Download Now! http://messenger.yahoo.com/download.php