<div>Hi Justin,</div>
<div>Is there any information on the gmx-website that explains how I should do that? Does the tip means I should separate my original structure and the groups that I attached to it??/ Many Thanks/Jamie<br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Mon, Aug 10, 2009 at 9:31 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Jamie Seyed wrote: &gt; Dear Justin, &gt; Thanks for your all valuable comments. Actually I got these 2 notes: &gt; ----------------------------------------------------------------------------------- &gt; &gt; NOTE 1 [file topol.top, line unknown]: &gt; The largest charge group contains 24 atoms. &gt; Since atoms only see each other when the centers of geometry of the charge &gt; groups they belong to are within the cut-off distance, too large charge &gt; groups can lead to serious cut-off artifacts. &gt; For efficiency and accuracy, charge group should consist of a few atoms. &gt; For all-atom force fields use: CH3, CH2, CH, NH2, NH, OH, CO2, CO, etc. &gt; &gt; NOTE 2 [file md.mdp, line unknown]: &gt; You are using a plain Coulomb cut-off, which might produce artifacts. &gt; You might want to consider using PME electrostatics. &gt; &gt; ------------------------------------------------- &gt; &gt; How I can trust my results specially for first one?? Many Thanks/Jamie &gt; You should define smaller charge groups. The tip given in the note is useful. As for note 2, never use cut-off for electrostatics. It is not as reliable as PME. -Justin &gt; &gt; &gt; On Mon, Aug 10, 2009 at 9:18 PM, Justin A. Lemkul &gt; wrote: &gt; &gt; &gt; &gt; Jamie Seyed wrote: &gt; &gt; The gro file: &gt; ------------------------- &gt; GROtesk MACabre and Sinister &gt; 1836 &gt; 12 C 1 1.311 1.563 0.994 &gt; 12 C 2 1.220 1.635 1.079 &gt; 12 C 3 1.092 1.565 1.081 &gt; 12 C 4 1.108 1.449 0.996 &gt; ......... &gt; &gt; 12 H 118 1.438 1.092 1.244 &gt; 12 H 119 1.413 1.098 1.426 &gt; 12 H 120 1.291 1.033 1.329 &gt; 2SOL OW 121 0.569 1.275 1.165 &gt; 2SOL HW1 122 0.476 1.268 1.128 &gt; 2SOL HW2 123 0.580 1.364 1.209 &gt; &gt; ....... &gt; &gt; 572SOL HW2 1833 2.024 1.991 2.158 &gt; 573SOL OW 1834 2.290 2.286 2.382 &gt; 573SOL HW1 1835 2.320 2.214 2.320 &gt; 573SOL HW2 1836 2.251 2.246 2.465 &gt; 2.64467 2.64467 2.64467 &gt; &gt; ----------------------------------------- &gt; and itp-file: &gt; &gt; ----------------- &gt; &gt; ; Include forcefield parameters &gt; &gt; [ moleculetype ] &gt; ; Name nrexcl &gt; C60CH3 3 &gt; &gt; [ atoms ] &gt; ; nr type resnr residue atom cgnr charge &gt; mass typeB chargeB massB &gt; 1 opls_145 1 C60CH3 C 1 0 &gt; 12.011 ; qtot 0 &gt; 2 opls_516 1 C60CH3 C 2 0 &gt; 12.011 ; qtot 0 &gt; ..... &gt; &gt; &gt; 71 78 79 69 3 1.740000e+02 5.000000e+00 &gt; 3.000000e+00 1.740000e+02 5.000000e+00 3.000000e+00 &gt; 69 79 80 2 3 2.580000e+02 5.000000e+00 &gt; 3.000000e+00 2.580000e+02 5.000000e+00 3.000000e+00 &gt; &gt; [ system ] &gt; ; Name &gt; C60CH3 &gt; &gt; [ molecules ] &gt; ; Compound #mols &gt; C60CH3 1 &gt; ----------------------------------------------- &gt; &gt; Oh Ok now I understand that I should remove only one of the &gt; [molecule] &gt; &gt; &gt; The [ system ] and [ molecules ] directives *only* belong in the &gt; system .top, never in an .itp file. Remove both [ system ] and [ &gt; molecules ] from the .itp, and list the appropriate molecules in the &gt; [ molecules ] directive of the .top only. &gt; &gt; -Justin &gt; &gt; sections in itp-file (right)?? &gt; &gt; Thanks a lot/ Please let me know if still something is &gt; missing.../Thanks/Jamie &gt; &gt; &gt; On Mon, Aug 10, 2009 at 8:42 PM, Justin A. Lemkul &gt; &gt; &gt;&gt; wrote: &gt; &gt; &gt; &gt; Jamie Seyed wrote: &gt; &gt; First I put 1000, but after editconf and genbox it has been &gt; changed to 572. I only have 1 part with SOL 572... &gt; &gt; &gt; I&#39;m thoroughly confused. There is no need to manually manipulate &gt; these sections if you&#39;re allowing genbox, genion, etc to &gt; manipulate &gt; them for you. Please post the following information to get a &gt; resolution: &gt; &gt; 1. Your .top file &gt; 2. Your molecule.itp file (you can delete out lines in the atoms, &gt; bonds, dihedrals section so the file is not unnecessarily &gt; long - I&#39;m &gt; really just interested in the other directives that may be &gt; present) &gt; &gt; -Justin &gt; &gt; On Mon, Aug 10, 2009 at 8:36 PM, Justin A. Lemkul &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; wrote: &gt; &gt; &gt; &gt; Jamie Seyed wrote: &gt; &gt; Hi Justin, &gt; &gt; Thanks again... . Actully I have a question: I &gt; have 1836 &gt; atoms &gt; (572 water and 1 molecule with 120 atoms). In top &gt; of my &gt; file.gro &gt; I have 1836 and in topology in [molecules] I have &gt; c60ch3 &gt; 1; and &gt; SOL 572 which means the same as above. So how I should &gt; change it &gt; to get rid of error...??/ &gt; &gt; &gt; The above should be correct. However, you then have &gt; in your .top &gt; you posted earlier: &gt; &gt; &gt; [molecules] &gt; molecule 1 &gt; SOL 1000 &gt; &gt; This section is probably the source of your problem. &gt; Again, as I &gt; said before, there should only ever be one [ molecules ] &gt; section in &gt; the .top file. Sounds like you&#39;ve got two. &gt; &gt; -Justin &gt; &gt; Thank you in advance.../Jamie &gt; On Mon, Aug 10, 2009 at 8:20 PM, Justin A. Lemkul &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; wrote: &gt; &gt; &gt; &gt; Jamie Seyed wrote: &gt; &gt; Hi Justin, &gt; Oh yes. I had a line that include ff again &gt; and I &gt; deleted that &gt; (is that ok)? now I got a new error related to &gt; &quot;number of &gt; coordinates in &gt; &gt; &gt; That&#39;s more than OK, that&#39;s correct. As Mark &gt; pointed &gt; out, there &gt; should only ever be one invocation of [ &gt; defaults ] in &gt; a topology. &gt; &gt; &gt; coordinate file does not match topology...&quot; I &gt; should fix this &gt; one now!! Simple one to &gt; fix. Figure out where the duplicate or &gt; missing &gt; molecules are within the topology. I&#39;m &gt; guessing your &gt; molecule.itp &gt; was really a molecule.top, complete with [ &gt; defaults ], [ &gt; system ], &gt; and [ molecules ] directive, right? None of these &gt; should be &gt; present &gt; in an .itp file, only a .top. &gt; &gt; -Justin &gt; &gt; Thanks a lot/Jamie &gt; &gt; &gt; On Mon, Aug 10, 2009 at 8:10 PM, Justin A. &gt; Lemkul &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; wrote: &gt; &gt; &gt; Can you post the contents of &gt; molecule.itp? The &gt; first &gt; #include for &gt; the force field is likely not the problem; &gt; you&#39;ve probably &gt; #included &gt; it again in molecule.itp. &gt; &gt; -Justin &gt; &gt; Jamie Seyed wrote: &gt; &gt; Dear all, &gt; I have a topology contains line as &gt; below. I &gt; do not &gt; understand &gt; what is wrong with it that I get an &gt; error &gt; ----------- &gt; Program grompp, Version 4.0.5 &gt; Source Code file: topio.c, line: 415 &gt; Fatal error: &gt; Syntax error-File ffoplsaa.itp, line 18 &gt; last line read: &gt; &#39;[defaults]&#39; &gt; Invalid order for directive defaults &gt; -------------- &gt; according to the page &gt; &gt; <a href="http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Errors#Found_a_second_defaults_directive_file">http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Errors#Found_a_second_defaults_directive_file</a> &gt; I do not have twice default &gt; section... SO I &gt; do not &gt; know &gt; exactly &gt; which files I should check... It says &gt; topology and ff. &gt; Topology &gt; that I am using in grompp is as &gt; below and the &gt; ffoplsaa.itp has &gt; only one default section... &gt; Would you please help me to solve &gt; the problem. &gt; topol.top: ------------- &gt; #include &quot;ffoplsaa.itp&quot; &gt; #include &quot;spce.itp&quot; &gt; #include &quot;molecule.itp&quot; &gt; [system] &gt; fullerene in water &gt; [molecules] &gt; molecule 1 &gt; SOL 1000 &gt; -------------------- &gt; Many Thanks in Advance and I &gt; appreciate your &gt; help/Jamie &gt; &gt; On Mon, Aug 10, 2009 at 5:46 PM, &gt; Jamie Seyed &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; wrote: &gt; &gt; Dear Vitaly, &gt; topol.top: ------------- &gt; #include &quot;ffoplsaa.itp&quot; &gt; #include &quot;spce.itp&quot; &gt; #include &quot;c80ch3.itp&quot; &gt; [system] &gt; fullerene in water &gt; [molecules] &gt; C80CH3 1 &gt; SOL 1000 &gt; -------------------- &gt; my command is: &gt; grompp -f md.mdp -c f.gro -p &gt; topol.top &gt; -o pr.tpr &gt; -maxwarn 10 &gt; Thank you for helping me out to &gt; solve the &gt; problem/ &gt; Regards/Jamie &gt; On Mon, Aug 10, 2009 at &gt; 5:39 PM, &gt; Vitaly &gt; V. Chaban &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; wrote: &gt; &gt; Jamie, &gt; &gt; The idea is the same. Some &gt; directive &gt; is not &gt; at its &gt; place. I &gt; cannot say &gt; which is exactly because I &gt; don&#39;t see &gt; all the &gt; picture with &gt; your &gt; topology file (+included files). &gt; Write the &gt; sequence of &gt; directives as &gt; they go in .top (+included &gt; .itp) and &gt; then &gt; we will see &gt; what sections &gt; must be shifted or maybe just &gt; swapped. &gt; &gt; Vitaly &gt; &gt; On Tue, Aug 11, 2009 at 12:34 &gt; AM, Jamie &gt; Seyed &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; wrote: &gt; &gt; Hi Vitaly, &gt; &gt; When I add it back, I got &gt; the old &gt; error &gt; &gt; ----------- &gt; &gt; Program grompp, Version 4.0.5 &gt; &gt; Source Code file: topio.c, &gt; line: 415 &gt; &gt; Fatal error: &gt; &gt; Syntax error-File &gt; ffoplsaa.itp, &gt; line 18 &gt; &gt; last line read: &gt; &gt; &#39;[defaults]&#39; &gt; &gt; Invalid order for &gt; directive defaults &gt; &gt; ----------- &gt; &gt; Now do you have any idea??? I &gt; appreciate &gt; your &gt; help/Jamie &gt; &gt; &gt; &gt; On Mon, Aug 10, 2009 at &gt; 5:22 PM, &gt; Jamie Seyed &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; wrote: &gt; &gt;&gt; &gt; &gt;&gt; Hi Vitaly, &gt; &gt;&gt; I did it because I read from &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; <a href="http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Errors#Found_a_second_defaults_directive_file">http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Errors#Found_a_second_defaults_directive_file</a> &gt; &gt;&gt; that says: &gt; &gt;&gt; &quot;One solution is to simply &gt; comment out &gt; (or delete) &gt; the lines &gt; of code out &gt; &gt;&gt; in the file where it is &gt; included &gt; for the &gt; second time &gt; i.e., &gt; ..&quot;. So if it is &gt; &gt;&gt; the case I am going to &gt; undo it &gt; to see what &gt; happens... &gt; I will &gt; let you know. &gt; &gt;&gt; Thanks/Jamie &gt; &gt;&gt; On Mon, Aug 10, 2009 at &gt; 5:05 PM, &gt; Vitaly &gt; V. Chaban &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; wrote: &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt;&gt;&gt; Why did you comment out &gt; [defaults] in &gt; ffoplsaa.itp? The &gt; general idea &gt; &gt;&gt;&gt; is that the sections in the &gt; resulting &gt; topology file &gt; (after &gt; including &gt; &gt;&gt;&gt; #include&#39;s) must be &gt; placed in the &gt; strict order. &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------ &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________ &gt; gmx-users mailing list &gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a> &gt; Please search the archive at &gt; <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> &gt; before posting! &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe &gt; requests to the &gt; list. Use the &gt; www interface or send it to &gt; <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a> &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;. &gt; &gt; Can&#39;t post? Read &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a> &gt; &gt; &gt; -- &gt; ======================================== &gt; &gt; Justin A. Lemkul &gt; Ph.D. Candidate &gt; ICTAS Doctoral Scholar &gt; Department of Biochemistry &gt; Virginia Tech &gt; Blacksburg, VA &gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu">vt.edu</a> &gt; &gt; &gt; | (540) &gt; &gt; 231-9080 &gt; &gt; &gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a> &gt; &gt; ======================================== &gt; &gt; _______________________________________________ &gt; gmx-users mailing list &gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a> &gt; Please search the archive at &gt; <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before &gt; posting! &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests &gt; to the &gt; list. &gt; Use the www &gt; interface or send it to &gt; <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a> &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;&gt;. &gt; &gt; Can&#39;t post? Read &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a> &gt; &gt; &gt; &gt; -- ======================================== &gt; &gt; Justin A. Lemkul &gt; Ph.D. Candidate &gt; ICTAS Doctoral Scholar &gt; Department of Biochemistry &gt; Virginia Tech &gt; Blacksburg, VA &gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu">vt.edu</a> &gt; &gt; | (540) &gt; 231-9080 &gt; &gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a> &gt; &gt; ======================================== &gt; _______________________________________________ &gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a> &gt; Please search the archive at &gt; <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before &gt; posting! &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the &gt; list. &gt; Use the www &gt; interface or send it to &gt; <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a> &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;&gt;. &gt; Can&#39;t post? Read &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a> &gt; &gt; &gt; &gt; -- ======================================== &gt; &gt; Justin A. Lemkul &gt; Ph.D. Candidate &gt; ICTAS Doctoral Scholar &gt; Department of Biochemistry &gt; Virginia Tech &gt; Blacksburg, VA &gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu">vt.edu</a> &gt; | (540) &gt; 231-9080 &gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a> &gt; &gt; ======================================== &gt; _______________________________________________ &gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a> &gt; Please search the archive at &gt; <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before &gt; posting! &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. &gt; Use the www &gt; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a> &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;. &gt; Can&#39;t post? Read &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a> &gt; &gt; &gt; &gt; -- ======================================== &gt; &gt; Justin A. Lemkul &gt; Ph.D. Candidate &gt; ICTAS Doctoral Scholar &gt; Department of Biochemistry &gt; Virginia Tech &gt; Blacksburg, VA &gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu">vt.edu</a> | (540) &gt; 231-9080 &gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a> &gt; &gt; ======================================== &gt; _______________________________________________ &gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &gt; &gt; &gt; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a> &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before &gt; posting! &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www &gt; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a> &gt; &gt; &gt;. &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a> &gt; &gt; &gt; &gt; -- &gt; ======================================== &gt; &gt; Justin A. Lemkul &gt; Ph.D. Candidate &gt; ICTAS Doctoral Scholar &gt; Department of Biochemistry &gt; Virginia Tech &gt; Blacksburg, VA &gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu">vt.edu</a> | (540) 231-9080 &gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a> &gt; &gt; ======================================== &gt; _______________________________________________ &gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &gt; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a> &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before &gt; posting! &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www &gt; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a> &gt; . &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a> &gt; &gt; -- ======================================== Justin A. Lemkul Ph.D. Candidate ICTAS Doctoral Scholar Department of Biochemistry Virginia Tech Blacksburg, VA jalemkul[at]<a href="http://vt.edu">vt.edu</a> | (540) 231-9080 <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a> ======================================== _______________________________________________ gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting! Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>. Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a> </blockquote>
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