<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META content=text/html;charset=gb2312 http-equiv=Content-Type>
<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.6001.18812"></HEAD>
<BODY style="PADDING-LEFT: 10px; PADDING-RIGHT: 10px; PADDING-TOP: 15px" 
id=MailContainerBody leftMargin=0 topMargin=0 CanvasTabStop="true" 
name="Compose message area">
<DIV><FONT face=Calibri>Hi There,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>I have some problems</FONT><FONT face=Calibri> 
installing gromacs on the linux server.&nbsp;</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>fftw installed with no error, but when I install 
gromacs,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>I&nbsp;got the following error:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>*****************************************</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>/bin/sh ../../libtool --tag=CC&nbsp;&nbsp; --mode=link 
cc&nbsp; -O3 -fomit-frame-pointer -finline-functions -Wall -Wno-unused 
-funroll-all-loops&nbsp; -L/home/y1gao/soft/fftw/lib&nbsp;&nbsp; -o grompp 
grompp.o libgmxpreprocess_d.la ../mdlib/l<BR>cc -O3 -fomit-frame-pointer 
-finline-functions -Wall -Wno-unused -funroll-all-loops -o .libs/grompp 
grompp.o&nbsp; -L/home/y1gao/soft/fftw/lib ./.libs/libgmxpreprocess_d.a 
-L/usr/X11R6/lib ../mdlib/.libs/libmd_d.so /n<BR>_d.so -lnsl -lfftw3 -lm -lSM 
-lICE -lX11&nbsp; -Wl,--rpath 
-Wl,/home/y1gao/soft/gromacs//lib<BR>../mdlib/.libs/libmd_d.so: undefined 
reference to `__libm_sse2_sincos'<BR>../mdlib/.libs/libmd_d.so: undefined 
reference to `__libm_sse2_log'<BR>../mdlib/.libs/libmd_d.so: undefined reference 
to `_intel_fast_memcpy'<BR>collect2: ld returned 1 exit status<BR>make[3]: *** 
[grompp] Error 1<BR>make[3]: Leaving directory 
`/nas/y1gao/installation_files/gromacs-4.0.4/gromacs-4.0.4/src/kernel'<BR>make[2]: 
*** [all-recursive] Error 1<BR>make[2]: Leaving directory 
`/nas/y1gao/installation_files/gromacs-4.0.4/gromacs-4.0.4/src'<BR>make[1]: *** 
[all] Error 2<BR>make[1]: Leaving directory 
`/nas/y1gao/installation_files/gromacs-4.0.4/gromacs-4.0.4/src'<BR>make: *** 
[all-recursive] Error 1<BR></FONT><FONT 
face=Calibri>*******************************************</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>I used the combinations of the following fftw and 
gromacs:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>fftw 3.2.1; fftw3.2.2</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>gromacs 3.3.3; gromacs&nbsp;4.0.4</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>gcc version 3.4.6</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>The command I used are:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>*************************</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>To install fftw:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>&nbsp;$ ./configure 
--enable-threads&nbsp;--enable-sse2&nbsp;-prefix 
/home/y1gao/soft/fftw/lib</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>&nbsp;$ make</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>$ make install</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>To install gromacs:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>$ ./configure --enable-shared 
LDFLAGS='-L/home/y1gao/soft/fftw/lib' CPPFLAGS='-I/home/y1gao/soft/fftw/include' 
--enable-double --prefix=/home/y1gao/soft/gromacs/</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>$ make</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>$ make install</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>(&nbsp;error comes out here)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>*************************</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>Could anyone help me find a way out? Thanks in 
advance.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Calibri>Stone</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Calibri></FONT>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>