<br><br><br>Hi <br>1.type =&gt;<br>

do_dssp -f 6LYZ-MD.xtc -s 6LYZ-MD.tpr -o secondary-structure.xpm -sc secondary-structure.xvg<br>Select a group: 1<br>

Selected 1: &#39;Protein&#39;<br><br><br>As Justin said: <br>&quot;Don&#39;t analyze Protein.  Think about it - you&#39;re looking at mainchain hydrogen<br>

bonds.  Side chains and such don&#39;t matter for DSSP.  Use the MainChain+H group<br>

for analysis.&quot;<br><br><br><br><br><br><br>Why?<br>What is the difference?<br><br>Thank you<br>Lin<br><br><br><br>Chih-Ying Lin wrote:<br>
&gt; HI<br>
&gt;<br>
&gt; 1.<br>
&gt; type =&gt;<br>
&gt; do_dssp -f 6LYZ-MD.xtc -s 6LYZ-MD.tpr -o secondary-structure.xpm -sc<br>
&gt; secondary-structure.xvg<br>
&gt;<br>
&gt; Select a group: 1<br>
&gt; Selected 1: &#39;Protein&#39;<br>
<br>
Don&#39;t analyze Protein.  Think about it - you&#39;re looking at mainchain hydrogen<br>
bonds.  Side chains and such don&#39;t matter for DSSP.  Use the MainChain+H group<br>
for analysis.<br>
<br>
-Justin<br>
<br><br><br><br><br><br>