<P>Hello everyone<BR itxtvisited="1">I am doing MD on a protein, and everything including the EM seems to go well. When I start to do the position restrained MD (or even directly the MD without doing the PR MD), I get a "Segmentation fault". </P>
<P>when a doing EM,I set&nbsp; nsteps = 500,because i just want to go though the&nbsp;&nbsp;procedures,but there is a&nbsp;result:</P>
<P>Steepest Descents did not converge to Fmax &lt; 1000 in 501 steps.</P>
<P>&nbsp;i go on the grompp pr.mdp and mdrun command,&nbsp;Segmentation fault comes up.details as followed:</P>
<P>Step -2, time -0.004 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<BR>relative constraint deviation after LINCS:<BR>max 0.060225 (between atoms 4110 and 4112) rms 0.001990<BR>bonds that rotated more than 30 degrees:<BR>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<BR>starting mdrun 'CYP2W1_CYSHEME in water'<BR>100 steps,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2 ps.</P>
<P><BR>Step 0, time 0 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<BR>relative constraint deviation after LINCS:<BR>max 20.941092 (between atoms 4012 and 4013) rms 0.630786<BR>bonds that rotated more than 30 degrees:<BR>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<BR>&nbsp;&nbsp; 4008&nbsp;&nbsp; 4010&nbsp;&nbsp; 59.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470&nbsp;&nbsp; 0.2246&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<BR>&nbsp;&nbsp; 4010&nbsp;&nbsp; 4011&nbsp;&nbsp; 87.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1536&nbsp;&nbsp; 1.1098&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<BR>&nbsp;&nbsp; 4010&nbsp;&nbsp; 4023&nbsp;&nbsp; 56.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530&nbsp;&nbsp; 0.2198&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530</P>
<P>........</P>
<P>........ so much atoms number<BR>&nbsp;&nbsp;Warning: 1-4 interaction between 4008 and 4012 at distance 1.404 which is larger than the 1-4 table size 1.000 nm<BR>These are ignored for the rest of the simulation<BR>This usually means your system is exploding,<BR>if not, you should increase table-extension in your mdp file</P>
<P>Step 1, time 0.002 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<BR>relative constraint deviation after LINCS:<BR>max 10879059641262569160704.000000 (between atoms 4029 and 4030) rms 157073328433382031360.000000<BR>bonds that rotated more than 30 degrees:</P>
<P>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 933&nbsp;&nbsp;&nbsp; 935&nbsp;&nbsp; 38.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330&nbsp;&nbsp; 0.1811&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 935&nbsp;&nbsp;&nbsp; 936&nbsp;&nbsp; 41.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1411&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000</P>
<P>................so much atoms number</P>
<P>&nbsp;&nbsp; 4210&nbsp;&nbsp; 4212&nbsp;&nbsp; 52.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330&nbsp;&nbsp; 0.2032&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<BR>&nbsp;&nbsp; 4212&nbsp;&nbsp; 4213&nbsp;&nbsp; 30.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1209&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000</P>
<P>Wrote pdb files with previous and current coordinates<BR>[localhost:09678] *** Process received signal ***<BR>[localhost:09678] Signal: Segmentation fault (11)<BR>[localhost:09678] Signal code: Address not mapped (1)<BR>[localhost:09678] Failing at address: 0x5ad01b00<BR>[localhost:09678] [ 0] /lib/tls/libpthread.so.0 [0xab68b0]<BR>[localhost:09678] [ 1] mdrun(do_nonbonded+0x349) [0x816d4a1]<BR>[localhost:09678] *** End of error message ***<BR>Segmentation fault<BR></P>
<P><EM>&nbsp;</EM>I have been trying to solve this problem for quite some time now. It&nbsp; would be very helpful if you can suggest some way to work around&nbsp; this problem.<BR>thanks!</P>
<P>jianlu guo</P><br><br><span title="neteasefooter"/><hr/>
<a href="http://www.yeah.net/?from=footer">没有广告的终身免费邮箱,www.yeah.net</a>
</span>