<div><font face="Courier New">Dear all,</font></div>
<div><font face="Courier New">I have questions regarding the position restrain md. I tried to find the answer of my questions from the mailing list, but it is not clear yet.</font></div>
<div>In the fws tutorial when it says (in the pr.mdp) </div>
<div style="MARGIN: 0em">tc_grps=Protein   non-protein</div>
<div style="MARGIN: 0em">(1) Doesn&#39;t that mean everything in the system? I think for this case we can simply write &quot;system&quot; because system is made by protein and non-protein?? </div>
<div style="MARGIN: 0em">(2) In this case how program recognize which one should restrain and which one not, because it included all??</div>
<div style="MARGIN: 0em">(3) This step is required for every system or only proteins??</div>
<div style="MARGIN: 0em">(4) If I want to make an index file and I specify a group that need to be constrained, in the generated index file I will get system and all its parts and an extra part for my specific part that need to be constrain...Is that ok??</div>

<div style="MARGIN: 0em">(5) In my case I have a molecule (MOL) and water (SOL), for position restrain md should I use &quot;tc_grps=MOL   SOL&quot; (according to fws tutorial) or I need only write &quot;tc_grps=MOL&quot;??  Many Thanks in Advance/Jamie</div>

<div style="MARGIN: 0em"> </div>
<div style="MARGIN: 0em"> </div>
<div style="MARGIN: 0em"></div>