<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear gromacs users,<br>I've been using gromacs to run a simulation of&nbsp; a protein with a cofactor and a ligand. i had a problem while running the simulation; the cofactor, ligand and the substrate molecule were spaced away from the protein in the solvent box., thereby creating literally zero interaction energy.<br>How do I solve this problem and place all the molecules together in the solvent box?<br>Thanking you,.<br>Anand.<br><br></td></tr></table><br>



      <!--3--><hr size=1></hr> Looking for local information? Find it on <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_local_1/*http://in.local.yahoo.com/" target="_blank"> Yahoo! Local</a>