Hi Sunny,<br><br>Justin is right in saying that the hydrogen bonds will
be absent in the coarse grained file. For MARTINI, you would need to
get the secondary structure information from the original, un-CG .pdb
file (in your case, your 1K4C clean pdb file). When doing the topology,
it will become clear that the .ssd file that is required will be that
obtained from your original pdb file. That is how the MARTINI force
field works. I hope this helps!<br>
<br>Best,<br>--Johnny<br clear="all"><br>-- <br>-------------------------------------------------<br>Johnny Lam<br>ISPE Berkeley Chapter External Vice President<br>Department of Bioengineering<br>College of Engineering<br>
University of California, Berkeley<br>Tel: (408) 655- 6829<br>Email: <a href="mailto:johntus@berkeley.edu">johntus@berkeley.edu</a><br><br>