Hi Justin,<div><br></div><div>Thanks for the expedient reply. So in that case I cannot get the dssp output of my CG structure for sure. So in that case do I have to get the .ssd files of my 1K4C_clean.pdb file only right and then get the .seq file of 1K4c_clean.pdb in order to proceed. Am I right?</div>
<div><br></div><div>Sunny<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 18, 2009 at 1:03 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
sunny mishra wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear all,<br>
<br>
I wanted to get the dssp output of Coarse Grained structure of my protein i.e. 1K4C. In order to get that I have a script which is given to me in the MARTINI tutorial (dssp2ssd.py). I have also downloaded the dssp successfully in my linux machine. In my first step i cleaned the 1K4C protein and renamed it as 1K4C_clean.pdb. 1K4C_clean.pdb consists only the header title and atoms with C ligands in it. When i convert the 1K4C_clean.pdb to CG structure using atom2CG script with the help of awk command I get the CG structure successfully and I renamed it 1K4C_cleancg.pdb. But when I am trying to get the dssp output of 1K4C_cleancg.pdb using dssp it produces nothing but on the other hand it produces the dssp output of my normal cleaned 1K4C pdb file. Do you know if there is anyway I can get the dssp output of my CG structure of protein?<br>

<br>
</blockquote>
<br></div>
Not likely.  DSSP calculates secondary structure from hydrogen bonds, which will be absent in a CG model.  The script you refer to (dssp2ssd.py) does not use DSSP to calculate secondary structure; it simply converts DSSP output to the .ssd file needed by MARTINI.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Thanks,<br>
<br>
Sunny<br>
<br>
<br>
------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br></div>