<br>Alright sounds good to me. In order to make it sure once again....I have to do something like this...<div><br></div><div>awk -f atom2cg.awk 1K4C.pdb &gt; 1K4C_cg.pdb</div><div><br></div><div>and then....to get the .gro file....</div>
<div><br></div><div>genbox -cp 1K4C_cg.pdb -box 10 10 10 -o 1K4C_cg.gro</div><div><br></div><div>and then......</div><div><br></div><div>grompp -f em.mdp -c 1K4C_cg.gro -p 1K4C.top -maxwarn 10</div><div><br></div><div>AM I CORRECT?</div>
<div><br></div><div>Sunny</div><div><div><br></div><div><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 18, 2009 at 7:44 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im"><br>
<br>
sunny mishra wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Justin,<br>
<br>
I am using these commands...<br>
<br>
genbox -cp 1K4C.pdb -box 10 10 10 -o 1K4C.gro<br>
<br>
from here I can get my 1K4C.gro file.<br>
<br>
As far as CG structure of protein is concerned I can produce the CG structure using awk script like this..<br>
<br>
awk -f atom2cg.awk 1K4C.pdb &gt; 1K4C_CG.pdb<br>
<br>
But after getting the CG structure its difficult to get the .itp file for 1K4C_CG.pdb because dssp does not produce .ssd files for CG structure of proteins and if I am not having .ssd file then i cant get 1K4C_CG.itp file so thats why I did not use awk script and I was just doing for the normal protein to test first.<br>

<br>
</blockquote>
<br></div>
You need the awk script to generate the CG structure.  You use the atomistic structure to get the .ssd information - you&#39;ve done this correctly.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Here is the error------------<br>
<br>
grompp -f em.mdp -c 1K4C.gro -p 1K4C.top -maxwarn 10<br>
</blockquote>
<br></div>
&lt;snip&gt;<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
NOTE 1 [file em.mdp, line unknown]:<br>
  For energy conservation with switch/shift potentials, rlist should be 0.1<br>
  to 0.3 nm larger than rcoulomb.                                         <br>
<br>
NOTE 2 [file em.mdp, line unknown]:<br>
  For energy conservation with switch/shift potentials, rlist should be 0.1<br>
  to 0.3 nm larger than rvdw.                                             <br>
</blockquote>
<br></div>
Pay attention to these notes!<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
processing topology...<br>
Generated 0 of the 465 non-bonded parameter combinations<br>
Excluding 1 bonded neighbours molecule type &#39;Protein&#39;  <br>
NOTE 3 [file 1K4C.top, line 15]:<br>
  System has non-zero total charge: 4.000000e+00<br>
                                               <br>
<br>
processing coordinates...<br>
<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program grompp, VERSION 4.0.5                         Source code file: grompp.c, line: 362                 <br>
Fatal error:<br>
number of coordinates in coordinate file (1K4C.gro, 4534)<br>
             does not match topology (1K4C.top, 1166)   <br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Now this makes sense.  You are using an atomistic structure (1K4C.gro) with a CG topology.  The structure input into grompp should be the CG structure that comes from the awk script.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div></div><div class="h5">
<br>
<br>
<br>
On Tue, Aug 18, 2009 at 7:24 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
    sunny mishra wrote:<br>
<br>
        Ok. Thanks but I am doing a small test to make the .top file and<br>
        .gro files of fresh 1K4C protein structure without removing<br>
        anything but when I run my grommp command to minimize it as I<br>
        asked earlier as well it says number of atoms in the .top are<br>
        not equal to .top file and as you said that without adding any<br>
        other molecule I just have to fix the [molecules] section, but<br>
        it doesn&#39;t fix.<br>
<br>
         here are some details of my .top file which I created on my own<br>
        after getting the 1K4C.itp file. I got 1K4C.itp file something<br>
        like this..<br>
<br>
        grep -A 1 1K4C 1K4C.txt &gt; 1K4C.seq (This generates 1K4C.seq)<br>
        dsspcmbi 1K4C.pdb 1K4C.dssp (gives 1K4c.dssp)<br>
        dssp2ssd.py 1K4C.dssp -o 1K4C.ssd (this gives 1K4C.ssd)<br>
<br>
        seq2itp.pl 1K4C.seq 1K4C.ssd &gt; 1K4C.itp<br>
<br>
<br>
    &lt;snip&gt;<br>
<br>
<br>
        and after that I produce my 1K4C.gro file from genbox or<br>
        editconf and then when i run the command grommp it says that<br>
        number of atoms in .gro<br>
<br>
<br>
    What commands are you giving genbox/editconf?  You&#39;ve never invoked<br>
    the awk script that converts an atomistic protein structure to CG<br>
    (provided by the MARTINI folks).  Could that be the cause of the<br>
    disconnect?  Without seeing the actual error message, the best<br>
    anyone can do is guess.<br>
<br>
    -Justin<br>
<br>
        file are unequal to .top file. Since I am doing the simulation<br>
        in vacuum I cannot add anything else. Don&#39;t know how to proceed.<br>
<br>
        Thanks,<br>
<br>
        Sunny<br>
<br>
        On Tue, Aug 18, 2009 at 7:00 PM, Justin A. Lemkul<br>
        &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br></div></div><div class="im">
        &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
           sunny mishra wrote:<br>
<br>
               Hi all,<br>
<br>
               Is there anyway I can generate the .gro file from .top file<br>
               without using the command pdb2gmx and editconf?<br>
<br>
<br>
           A .top file is a topology - atomic descriptions; a .gro is a<br>
           coordinate file. They are unrelated and therefore cannot be<br>
           inter-converted.<br>
<br>
           -Justin<br>
<br>
<br>
                      ------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
               _______________________________________________<br>
               gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br></div>
               &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<div class="im">
<br>
<br>
               <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
               Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
               before posting!<br>
               Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
               www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
               &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
<br>
               Can&#39;t post? Read<br>
        <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
           --    ========================================<br>
<br>
           Justin A. Lemkul<br>
           Ph.D. Candidate<br>
           ICTAS Doctoral Scholar<br>
           Department of Biochemistry<br>
           Virginia Tech<br>
           Blacksburg, VA<br></div>
           jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540)<div class="im">
<br>
        231-9080<br>
<br>
           <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
           ========================================<br>
           _______________________________________________<br>
           gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br></div>
           &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<div class="im"><br>

<br>
           <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
           Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
           posting!<br>
           Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
           interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
           &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div><div><div></div><div class="h5">
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
<br>
           Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
        ------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
        _______________________________________________<br>
        gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
        <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
        Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
        before posting!<br>
        Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
        www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
        Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
    --     ========================================<br>
<br>
    Justin A. Lemkul<br>
    Ph.D. Candidate<br>
    ICTAS Doctoral Scholar<br>
    Department of Biochemistry<br>
    Virginia Tech<br>
    Blacksburg, VA<br>
    jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<br>
    <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
    ========================================<br>
    _______________________________________________<br>
    gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
    posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>