<br>Hi<br>The Gromacs version 4.0, there is no need of the flag -np for grompp<br><br>So,<br>Are the two following commands correct?<br>grompp_mpi -v -f md.mdp -c 6LYZ-MD5000.gro -p 6LYZ.top -o 6LYZ-MD5500.tpr <br>mpiexec -np 16 mdrun_mpi -deffnm 6LYZ-MD5500<br>
<br><br>Thank you<br>Lin<br><br><br><br>Chih-Ying Lin wrote:<br>
&gt; Hi<br>
&gt; Since the -np flag is no longer necessary with grompp for the version 4.0,<br>
&gt; how to tell Gromacs the number of the nodes being compiled together ?<br>
<br>
It determines the maximum number available from your MPI environment and<br>
uses that. So your MPI configuration and/or your mpirun command&#39;s<br>
arguments determine it.<br>
<br>
Mark<br>
<br>