Hi Johny and Justin,<div><br></div><div>Thanks for the reply. But another problem here arises regarding the 1K4C_clean.top file. I have to minimize the system in vacuum i.e. without adding any water molecules in it. After making the .gro file from 1K4C_clean.pdb file with the help of genbox command and when I do the grommp command it says that your .gro file does not match with the .top file. But I can get rid of that by adding W molecules. It doesn&#39;t make sense to me that when I am trying to minimize the system in vacuum why do I have to add the water molecules or add anything else. They should match...do you guys have any idea? Also, in my .top file I am using the martini.itp file and also 1K4C_clean.itp file which I generated from seq2itp.pl script after getting the .ssd files.</div>
<div><br></div><div>Sunny<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 18, 2009 at 6:01 PM, Johnny Lam <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:johntus01@gmail.com">johntus01@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Hi Sunny,<br><br>Justin is right in saying that the hydrogen bonds will be absent in the coarse grained file. For MARTINI, you would need to get the secondary structure information from the original, un-CG .pdb file (in your case, your 1K4C clean pdb file). When doing the topology, it will become clear that the .ssd file that is required will be that obtained from your original pdb file. That is how the MARTINI force field works. I hope this helps!<br>

<br>Best,<br>--Johnny<br clear="all"><br>-- <br>-------------------------------------------------<br><font color="#888888">Johnny Lam<br>ISPE Berkeley Chapter External Vice President<br>Department of Bioengineering<br>College of Engineering<br>

University of California, Berkeley<br>Tel: (408) 655- 6829<br>Email: <a href="mailto:johntus@berkeley.edu" target="_blank">johntus@berkeley.edu</a><br><br>
</font></blockquote></div><br></div>