Hi,<div><br></div><div>I checked both the files they match exactly but still I get the same error message that .gro file and .top file dnt match. I dnt know how to proceed now.</div><div><br></div><div>Sunny<br><br><div class="gmail_quote">
On Tue, Aug 18, 2009 at 8:18 PM, sunny mishra <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mishra.sunny@gmail.com">mishra.sunny@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Ok..I will see that and let you know. Thanks for the help though.<div><br></div><div><font color="#888888">Sunny</font><div><div></div><div class="h5"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 18, 2009 at 8:12 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div></div><div>sunny mishra wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I did the same but again i get the same error..something like this<br>
<br>
awk -f atom2cg_v2.1tryout.awk 1K4C.pdb &gt; 1K4C_cg.pdb<br>
<br>
(This generated 1K4C_cg.pdb file)<br>
<br>
genbox -cp 1K4C_cg.pdb -box 10 10 10 -o 1K4C_cg.gro<br>
<br>
(produced 1K4C_cg.gro)<br>
<br>
GROningen MAchine for Chemical Simulation<br>
<br>
                            :-)  VERSION 4.0.5  (-:<br>
<br>
<br>
      Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>
       Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>
             Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,<br>
            check out <a href="http://www.gromacs.org" target="_blank">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br>
<br>
         This program is free software; you can redistribute it and/or<br>
          modify it under the terms of the GNU General Public License<br>
         as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>
             of the License, or (at your option) any later version.<br>
<br>
                                :-)  genbox  (-:<br>
<br>
Option     Filename  Type         Description<br>
------------------------------------------------------------<br>
 -cp    1K4C_cg.pdb  Input, Opt!  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>
 -cs     spc216.gro  Input, Opt., Lib. Structure file: gro g96 pdb tpr tpb<br>
tpa<br>
 -ci     insert.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb<br>
tpa<br>
  -o    1K4C_cg.gro  Output       Structure file: gro g96<br>
pdb<br>
  -p      topol.top  In/Out, Opt. Topology<br>
file<br>
<br>
Option       Type   Value   Description<br>
------------------------------------------------------<br>
-[no]h       bool   no      Print help info and quit<br>
-nice        int    19      Set the nicelevel<br>
-box         vector 10 10 10  box size<br>
-nmol        int    0       no of extra molecules to insert<br>
-try         int    10      try inserting -nmol*-try times<br>
-seed        int    1997    random generator seed<br>
-vdwd        real   0.105   default vdwaals distance<br>
-shell       real   0       thickness of optional water layer around solute<br>
-maxsol      int    0       maximum number of solvent molecules to add if<br>
                            they fit in the box. If zero (default) this is<br>
                            ignored<br>
-[no]vel     bool   no      keep velocities from input solute and solvent<br>
<br>
Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>
WARNING: masses will be determined based on residue and atom names,<br>
         this can deviate from the real mass of the atom type<br>
Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/atommass.dat<br>
Entries in atommass.dat: 178<br>
WARNING: vdwradii will be determined based on residue and atom names,<br>
         this can deviate from the real mass of the atom type<br>
Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/vdwradii.dat<br>
Entries in vdwradii.dat: 28<br>
Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/dgsolv.dat<br>
Entries in dgsolv.dat: 7<br>
Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/electroneg.dat<br>
Entries in electroneg.dat: 71<br>
Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/elements.dat<br>
Entries in elements.dat: 218<br>
Reading solute configuration<br>
MEMBRANE PROTEIN<br>
Containing 1127 atoms in 534 residues<br>
Initialising van der waals distances...<br>
Writing generated configuration to 1K4C_cg.gro<br>
MEMBRANE PROTEIN<br>
<br>
Output configuration contains 1127 atoms in 534 residues<br>
Volume                 :        1000 (nm^3)<br>
Density                :     53.8545 (g/l)<br>
Number of SOL molecules:      0<br>
<br>
<br>
gcq#69: &quot;I Want to Know Right Now&quot; (Meatloaf)<br>
<br>
<br>
After that ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<br>
<br>
grompp -f em.mdp -c 1K4C_cg.gro -p 1K4C.top -maxwarn 10<br>
<br>
                         :-)  G  R  O  M  A  C  S<br>
(-:<br>
<br>
             Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon<br>
<br>
                            :-)  VERSION 4.0.5  (-:<br>
<br>
<br>
      Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>
       Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>
             Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,<br>
            check out <a href="http://www.gromacs.org" target="_blank">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br>
<br>
         This program is free software; you can redistribute it and/or<br>
          modify it under the terms of the GNU General Public License<br>
         as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>
             of the License, or (at your option) any later version.<br>
<br>
                                :-)  grompp  (-:<br>
<br>
Option     Filename  Type         Description<br>
------------------------------------------------------------<br>
  -f         em.mdp  Input, Opt!  grompp input file with MD parameters<br>
 -po      mdout.mdp  Output       grompp input file with MD parameters<br>
  -c    1K4C_cg.gro  Input        Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>
  -r       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>
 -rb       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>
  -n      index.ndx  Input, Opt.  Index file<br>
  -p       1K4C.top  Input        Topology file<br>
 -pp  processed.top  Output, Opt. Topology file<br>
  -o      topol.tpr  Output       Run input file: tpr tpb tpa<br>
  -t       traj.trr  Input, Opt.  Full precision trajectory: trr trj cpt<br>
  -e       ener.edr  Input, Opt.  Energy file: edr ene<br>
<br>
Option       Type   Value   Description<br>
------------------------------------------------------<br>
-[no]h       bool   no      Print help info and quit<br>
-nice        int    0       Set the nicelevel<br>
-[no]v       bool   yes     Be loud and noisy<br>
-time        real   -1      Take frame at or first after this time.<br>
-[no]rmvsbds bool   yes     Remove constant bonded interactions with virtual<br>
                            sites<br>
-maxwarn     int    10      Number of allowed warnings during input<br>
processing<br>
-[no]zero    bool   no      Set parameters for bonded interactions<br>
without<br>
                            defaults to zero instead of generating an<br>
error<br>
-[no]renum   bool   yes     Renumber atomtypes and minimize number<br>
of<br>
<br>
atomtypes<br>
<br>
Ignoring obsolete mdp entry &#39;title&#39;<br>
Ignoring obsolete mdp entry &#39;cpp&#39;<br>
Replacing old mdp entry &#39;unconstrained_start&#39; by &#39;continuation&#39;<br>
<br>
Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.9#<br>
checking input for internal consistency...<br>
<br>
NOTE 1 [file em.mdp, line unknown]:<br>
  For energy conservation with switch/shift potentials, rlist should be 0.1<br>
  to 0.3 nm larger than rcoulomb.<br>
<br>
<br>
NOTE 2 [file em.mdp, line unknown]:<br>
  For energy conservation with switch/shift potentials, rlist should be 0.1<br>
  to 0.3 nm larger than rvdw.<br>
<br>
processing topology...<br>
Generated 0 of the 465 non-bonded parameter combinations<br>
Excluding 1 bonded neighbours molecule type &#39;Protein&#39;<br>
<br>
NOTE 3 [file 1K4C.top, line 15]:<br>
  System has non-zero total charge: 4.000000e+00<br>
<br>
<br>
<br>
processing coordinates...<br>
<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program grompp, VERSION 4.0.5<br>
Source code file: grompp.c, line: 362<br>
<br>
Fatal error:<br>
number of coordinates in coordinate file (1K4C_cg.gro, 1127)<br>
             does not match topology (1K4C.top, 1166)<br>
-------------------------------------------------------<br>
</blockquote>
<br></div></div>
That&#39;s a pretty explicit error message. Go and look at the molecule and atom ordering in the two files and see where they don&#39;t match.<br><font color="#888888">
<br>
Mark</font><div><div></div><div><br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>