<br>Hi<br><br>I am setting pbc = xyz ; and type the commands<br>
<br> grompp_mpi -v -f minim.mdp -c 6LYZ-solvated.gro -p 6LYZ.top -o 6LYZ-EM-solvated<br> 
mpiexec -np 16 mdrun_mpi -v -deffnm 6LYZ-EM-solvated<br> =&gt; the simulation failed and .out file suggested me to use the flag -pd.<br>
<br><br>grompp_mpi -v -f minim.mdp -c 6LYZ-solvated.gro -p 6LYZ.top -o 6LYZ-EM-solvated<br> 
mpiexec -np 16 mdrun_mpi -pd -v -deffnm 6LYZ-EM-solvated<br> 
=&gt;  the simulation runs well.<br>
<br>
<br> 
Why?<br><br><br><h4>I am doing Energy minimization of the solvated system ( a protein molecule + TIP3P water) and the .mdp file and  error is as follows.<br></h4><br><br>Thank you<br>Lin<br><br>-------------------------------------------------------<br>
Program mdrun_mpi, VERSION 4.0.5<br>Source code file: domdec.c, line: 5459<br><br>Fatal error:<br>ns type Simple is not supported with domain decomposition,<br>use particle decomposition: mdrun -pd<br>-------------------------------------------------------<br>
<br><br><br><br>cpp             = /lib/cpp      ; Preprocessor<br><br>; Definea can be used to control processes<br>define          = -DFLEXIBLE<br><br>; Parameters describing what to do, when to stop and what to save<br>
integrator      = steep         ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)<br>emtol           = 1.0           ; Stop minimization when the maximum force &lt; 1.0 kJ/mol<br>nsteps          = 500           ; Maximum number of (minimization) steps to perform<br>
nstenergy       = 1             ; Write energies to disk every nstenergy steps<br>energygrps      = System        ; Which energy group(s) to write to disk<br><br>; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the <br>
interactions<br>nstlist         = 5             ; Frequency to update the neighbor list and long range f<br>orces<br>ns_type         = simple        ; Method to determine neighbor list (simple, grid)<br>rlist           = 1.0           ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)<br>
coulombtype     = cut-off       ; Treatment of long range electrostatic interactions<br>rcoulomb        = 1.0           ; long range electrostatic cut-off<br>rvdw            = 1.0           ; long range Van der Waals cut-off<br>
constraints     = none          ; Bond types to replace by constraints<br>pbc             = xyz           ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)<br><br><br><br><br>