<div>Hi Mark,</div>
<div>Thanks for the information. Actually in 7.4 I found only g_rotacf and g_angle also g_sgangle that calculate rotation and angle correlation function and in appendix D I could not find related topic... I appreciate if someone gives me more detail to do the job.</div>

<div>I want to calculate &lt;R(0).R(t)&gt; that R is coordinates vector R(x,y,z) for pure spce water. </div>
<div>Also I have a question related to having a coordinate file. I did a command as</div>
<div>trajconv  -f  md.trr  -n f.ndx  -o md.xtc</div>
<div>I am supposing in this case md.xtc contains only x,y,z coordinates. Is that true?? Many Thanks in Advance/Jamie</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div><br> </div>
<div class="gmail_quote">On Thu, Aug 20, 2009 at 8:02 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div>
<div></div>
<div class="h5">Jamie Seyed wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Dear all,<br>Is there any tool in gromacs that can calculate time correlation<br>function &lt;R(0).R(t)&gt; ??? R(x,y,z). Many Thanks in Advance/Jamie<br>
</blockquote><br></div></div>Yes, various tools can calculate (auto)correlation functions. See manual section 7.4 and appendix D.<br><br>Mark<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br>