<DIV>Thanks,Mark<BR>&nbsp;I have&nbsp; read&nbsp;section&nbsp;6.7 of the version 4.0 ,I find that somethings different from the manual of version 3.3, in version 4.0, the f' replaces f'',that means that column is the first derivative of the potential,that is force,am I right?<BR><BR></DIV>
<DIV></DIV><BR><PRE>&gt;zhangjianguo2002&nbsp;wrote:
&gt;&gt;&nbsp;Dear,
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;I&nbsp;am&nbsp;trying&nbsp;to&nbsp;do&nbsp;CG&nbsp;simulation,so&nbsp;I&nbsp;need&nbsp;a&nbsp;table&nbsp;potential&nbsp;as&nbsp;manual&nbsp;says,&nbsp;but&nbsp;it&nbsp;seem&nbsp;that&nbsp;it&nbsp;is&nbsp;too&nbsp;complicated&nbsp;for&nbsp;me&nbsp;to&nbsp;make&nbsp;a&nbsp;7&nbsp;columns&nbsp;table,I&nbsp;have&nbsp;see&nbsp;some&nbsp;suggestion&nbsp;in&nbsp;the&nbsp;user-mails,but&nbsp;&nbsp;I&nbsp;am&nbsp;still&nbsp;not&nbsp;understanding&nbsp;them&nbsp;clearly,what&nbsp;I&nbsp;have&nbsp;done&nbsp;as&nbsp;follows,I&nbsp;have&nbsp;transfered&nbsp;lJ-96&nbsp;potential&nbsp;into&nbsp;table&nbsp;potential&nbsp;directly,but&nbsp;the&nbsp;table&nbsp;only&nbsp;two&nbsp;columns&nbsp;are&nbsp;zeroes,they&nbsp;are&nbsp;the&nbsp;first&nbsp;columns&nbsp;x,and&nbsp;the&nbsp;fourth&nbsp;columns&nbsp;g(x),that&nbsp;is&nbsp;the&nbsp;potential&nbsp;value&nbsp;of&nbsp;LJ-96&nbsp;according&nbsp;to&nbsp;x,&nbsp;I&nbsp;want&nbsp;someone&nbsp;to&nbsp;help&nbsp;me&nbsp;to&nbsp;check&nbsp;my&nbsp;works&nbsp;directly,&nbsp;thanks&nbsp;in&nbsp;advance!
&gt;
&gt;You&nbsp;need&nbsp;to&nbsp;read&nbsp;section&nbsp;6.7&nbsp;thoroughly,&nbsp;particularly&nbsp;the&nbsp;last&nbsp;few&nbsp;
&gt;sentences&nbsp;of&nbsp;6.7.2.&nbsp;Columns&nbsp;of&nbsp;zeroes&nbsp;aren't&nbsp;accepted&nbsp;for&nbsp;some&nbsp;reason.
&gt;
&gt;Another&nbsp;way&nbsp;to&nbsp;generate&nbsp;template&nbsp;table&nbsp;files&nbsp;is&nbsp;with&nbsp;mdrun&nbsp;-debug&nbsp;on&nbsp;a&nbsp;
&gt;suitably&nbsp;similar&nbsp;system.
&gt;
&gt;Mark
&gt;
&gt;&gt;&nbsp;**********************
&gt;&gt;&nbsp;[&nbsp;defaults&nbsp;]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;;&nbsp;nbfunc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fudgeLJ&nbsp;fudgeQQ
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.0
&gt;&gt;&nbsp;[&nbsp;atomtypes&nbsp;]
&gt;&gt;&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;c12
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0000
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;part&nbsp;of&nbsp;table:
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.36&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.65757&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.362&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.53518&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.364&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.42386&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.366&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.32271&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.368&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.23088&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.37&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.14758&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.372&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.07213&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.374&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.00385&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.376&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-0.05783&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.378&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-0.11347&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-0.16358&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;Best&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;Jianguo
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;</PRE><br><br><span title="neteasefooter"/><hr/>
<a href="http://www.yeah.net/?from=footer">没有广告的终身免费邮箱,www.yeah.net</a>
</span>