I am trying to learn how to use the pull code to separate a dimer. I have read gromacs 4 manual and a tutorial I found on CSC, but it seems I still haven´t got the knack.<br>My system is consisted of a dimer inserted into a membrane lipid bilayer. I have included the following lines into my mdp parameter file.<br>
<br>pull  =  umbrella<br>pull-geometry  =  direction<br>pull_dim  =  Y N N<br>pull_nstxout  =  10<br>pull_nstfout  =  1<br>pull_ngroups  =  1<br>pull_group0  = DPPC<br>pull_group1 = r_31-60<br>pull_vec1  =  1 0 0<br>pull_init1  =  0.0<br>
pull_rate1  =  0<br>pull_k1  =  1000<br><br>Since I am trying to separate the two structures I thought about using the DPPC membrane as a reference structure for the pull, since my attemps with the monomer as a reference struture went with nothing happening whatsoever. Is it correct to use such a long series of aminoacids as a pull reference, i.e., gromacs will understand that tha pull should be in the center of mass, right? What does the manual mean with &quot;grompp normalizes the vector&quot;? Is this how I should procede to separate my dimer?<br>
Thank you in advance<br>Fabrício Bracht<br>