<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>Did you try to load the file into xmgrace?<br>That will give you more readable output.<br><br>I don't know what you mean with Psi.<br>s2 is &lt;exp(-beta*U)&gt;, where U is the interaction energy between the inserted<br>molecule and the system. V is the volume of that frame.<br>The entry s4 gives the average potential energy: &lt;U exp(-beta*U)&gt;.<br>The entries s5 and higher give energy components: &lt;Ucomponent exp(-beta*U)&gt;.<br><br>Berk<br><br>&gt; From: Rolf.Isele@rwth-aachen.de<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Date: Mon, 24 Aug 2009 15:35:46 +0200<br>&gt; Subject: [gmx-users] results of tpi<br>&gt; <br>&gt; Hi everybody,<br>&gt; <br>&gt; I'm doing calculations with results, that I receive from tpi insertions. As I don't get the results I am heading for, I starded to wonder weather I interpretate the values in the columns of the xvg file correct.<br>&gt; <br>&gt; Hear is the head of the xvg files and next to it my interpretation of its meaning<br>&gt; <br>&gt; @ s0 legend "-kT log(&lt;Ve\S-\8b\4U\N&gt;/&lt;V&gt;)"      = the total average of -kT*ln(&lt;V*exp(-beta*Psi)&gt;/&lt;V&gt;)<br>&gt; /@ s1 legend "f. -kT log&lt;e\S-\8b\4U\N&gt;"             = -kT*ln(&lt;exp(-beta*Psi)&gt;)   of one frame<br>&gt; @ s2 legend "f. &lt;e\S-\8b\4U\N&gt;"                        = &lt;exp(-beta*Psi)&gt; of one frame      ***<br>&gt; @ s3 legend "f. V"                                             = V of one frame                              ***<br>&gt; @ s4 legend "f. &lt;Ue\S-\8b\4U\N&gt;"                      =  no idea<br>&gt; @ s5 legend "f. &lt;U\sVdW rest\Ne\S-\8b\4U\N&gt;"    = no idea<br>&gt; <br>&gt; The values that I need are these branded with "***". Were my suggesstions right?<br>&gt; <br>&gt; Regards, Rolf<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />What can you do with the new Windows Live? <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>Find out</a></body>
</html>