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<br><br>&gt; Date: Sat, 22 Aug 2009 20:01:19 -0400<br>&gt; From: jalemkul@vt.edu<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] Re: Pull to separate dimer<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Ragnarok sdf wrote:<br>&gt; &gt;     Hi Justin, yes the intention is to pull the dimer apart within the<br>&gt; &gt;     plane of the bilayer. I've ran a few more tests changing a few of<br>&gt; &gt;     the parameters and got to one set that pulls my dimer apart<br>&gt; &gt;     apparently in a "friendly" way, I mean, using g_dist to monitor the<br>&gt; &gt;     COM distances I got an increment of 0.4 nm for a 500ps simulation.<br>&gt; &gt;     Below is my set of parameters. I have a few questions though. I<br>&gt; &gt;     don't seem to understand the relation between pull_k1 and<br>&gt; &gt;     pull_rate1. I am sorry if that sounds like a silly question, but I<br>&gt; &gt;     thought that the rate of pulling would be determined by the force<br>&gt; &gt;     constant applied and the vector selected. <br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; The pull rate is how fast the applied force moves; pull_k1 is the force constant <br>&gt; of the spring doing the pulling.<br>&gt; <br>&gt; &gt; One other question is regarding a future application. I intend to <br>&gt; &gt; calculate the free energy of dimerization of my dimer. Using g_wham I <br>&gt; &gt; would be able to get that, right? Then I got a little confused again, <br>&gt; <br>&gt; Yes.<br>&gt; <br>&gt; &gt; for in a tutorial that exaplains this procedure but using two argon <br>&gt; &gt; molecules, there is a constraint set between both atoms, and that is <br>&gt; &gt; coupled to the lambda value. I kind of understand that way of <br>&gt; &gt; calculating free energy, since it is similar to fep, where is calculate <br>&gt; &gt; along reaction coordinates. Well, I would really appreciate if someone <br>&gt; &gt; could give me a reference or any indication on reading material. Anyway, <br>&gt; &gt; my set of parameters:<br>&gt; <br>&gt; I've yet to find a good tutorial for this purpose.  If anyone else knows of one, <br>&gt; I'd be curious.  I've been doing some pulling lately to calculate PMF for <br>&gt; various ligand-binding events.  The way I think things need to go is:<br>&gt; <br>&gt; 1. Generate a trajectory of configurations along the reaction coordinate.<br>&gt; 2. Use different configurations as the starting points for independent <br>&gt; simulations in each sampling window.<br>&gt; 3. Use umbrella sampling to restrain these configurations within the windows.<br>&gt; 4. Calculate PMF from these simulations.<br>&gt; <br>&gt; If anyone else has a better or more complete explanation, I'd like to see it, <br>&gt; too; the documentation on the subject is a bit thin.<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br><br>I personally prefer using a constraint instead of an umbrella potential.<br>This avoids choosing a force constant and avoid the WHAM procedure.<br><br>You can also start the re/constrained simulation from the last configuration<br>at the previous distance. But this is not convenient if you want to run multiple<br>simulations simultaneously.<br>In both methods checking the convergence of the re/constraint force is critical.<br><br>Berk<br><br>&gt; &gt;  ; Pull Code<br>&gt; &gt; pull  =  umbrella<br>&gt; &gt; pull-geometry  =  direction<br>&gt; &gt; pull_dim  =  Y Y N<br>&gt; &gt; pull_nstxout  =  10<br>&gt; &gt; pull_nstfout  =  1<br>&gt; &gt; pull_ngroups  =  1<br>&gt; &gt; pull_group0  = r_1-30<br>&gt; &gt; pull_group1 = r_31-60<br>&gt; &gt; pull_vec1  =  1 1 0<br>&gt; &gt; pull_init1  =  0.0<br>&gt; &gt; pull_rate1  =  0.05<br>&gt; &gt; pull_k1  =  30<br>&gt; &gt; pull_constr_tol  =  1e-06<br>&gt; &gt; pull_pbcatom0  =  0<br>&gt; &gt; pull_pbcatom1  =  0<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Fabrício Bracht<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;     Ragnarok sdf wrote:<br>&gt; &gt;      &gt; I am trying to learn how to use the pull code to separate a dimer. I<br>&gt; &gt;      &gt; have read gromacs 4 manual and a tutorial I found on CSC, but it<br>&gt; &gt;     seems I<br>&gt; &gt;      &gt; still haven´t got the knack.<br>&gt; &gt;      &gt; My system is consisted of a dimer inserted into a membrane lipid<br>&gt; &gt;      &gt; bilayer. I have included the following lines into my mdp<br>&gt; &gt;     parameter file.<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;     So the goal is to pull the dimer apart, within the plane of the bilayer?<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;      &gt; pull  =  umbrella<br>&gt; &gt;      &gt; pull-geometry  =  direction<br>&gt; &gt;      &gt; pull_dim  =  Y N N<br>&gt; &gt;      &gt; pull_nstxout  =  10<br>&gt; &gt;      &gt; pull_nstfout  =  1<br>&gt; &gt;      &gt; pull_ngroups  =  1<br>&gt; &gt;      &gt; pull_group0  = DPPC<br>&gt; &gt;      &gt; pull_group1 = r_31-60<br>&gt; &gt;      &gt; pull_vec1  =  1 0 0<br>&gt; &gt;      &gt; pull_init1  =  0.0<br>&gt; &gt;      &gt; pull_rate1  =  0<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;     With a pull rate of 0, nothing is going to get pulled apart.  With<br>&gt; &gt;     umbrella<br>&gt; &gt;     pulling and a pull rate of 0, the distance between the two groups is<br>&gt; &gt;     going to be<br>&gt; &gt;     restrained at its initial value, as I understand it.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;      &gt; pull_k1  =  1000<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt; Since I am trying to separate the two structures I thought about<br>&gt; &gt;     using<br>&gt; &gt;      &gt; the DPPC membrane as a reference structure for the pull, since my<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;     With DPPC as the reference, then pulling would occur between the COM<br>&gt; &gt;     of the<br>&gt; &gt;     pulled group and the COM of the bilayer.  If they lie at the same<br>&gt; &gt;     place (i.e.,<br>&gt; &gt;     protein dimer centered within the bilayer), I don't think this will<br>&gt; &gt;     work.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;      &gt; attemps with the monomer as a reference struture went with nothing<br>&gt; &gt;      &gt; happening whatsoever. Is it correct to use such a long series of<br>&gt; &gt;      &gt; aminoacids as a pull reference, i.e., gromacs will understand<br>&gt; &gt;     that tha<br>&gt; &gt;      &gt; pull should be in the center of mass, right? What does the manual<br>&gt; &gt;     mean<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;     COM pulling should indeed be applied to the center of mass of<br>&gt; &gt;     whatever you are<br>&gt; &gt;     trying to pull on.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;     If you're trying to separate a dimer, I would try setting<br>&gt; &gt;     pull_group0 = Protein1<br>&gt; &gt;     and pull_group1 = Protein2 (and apply a pull rate &gt; 0).  Just a<br>&gt; &gt;     guess worth<br>&gt; &gt;     trying; I'm still figuring my way through the pull code for a few<br>&gt; &gt;     things, too :)<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;     -Justin<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;      &gt; with "grompp normalizes the vector"? Is this how I should procede to<br>&gt; &gt;      &gt; separate my dimer?<br>&gt; &gt;      &gt; Thank you in advance<br>&gt; &gt;      &gt; Fabrício Bracht<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt;      &gt;<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
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