<P>HI all:</P>
<P>I want to run a simulation&nbsp;with &nbsp;heme group(cytochrome p450). i have made a 3-d structure model for a cytochrome p450 .<FONT face="新宋体"><TT>I use the ffG43a1 force field,someone told me that i&nbsp;need both suitable parameters for your desired force field, and then </TT><TT>to construct a correct topology.</TT></FONT>&nbsp;<FONT face="新宋体">I read lots of papers,but most of them used amber force field.</FONT>Befor runing the gromacs molecular simulation,i&nbsp;define the heme group as a new residue in the .rtp files,following the required formats(atoms,bonds exclusions,angles,impropers,dihedrals)and then define a new FE-S bong.</P>
<P>i run the simulation like this:</P>
<P>pdb2gmx -ignh -ff G43a1 -f CYP2W1_CYSHEME.pdb -o new1.pdb -p new1.top -water spce&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>editconf -bt cubic -f new1.pdb -o new2.pdb -d 0.9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>genbox -cp new2.pdb -cs spc216.gro -o new3.pdb -p new1.top&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>grompp -f em.mdp -c new3.pdb -p new1.top -o em.tpr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>genion -s em.tpr -o new5.pdb -nname CL- -nn 1 -g ion.log; Edit top file, delette em.tpr <BR>grompp -f em.mdp -c new5.pdb -p new1.top -o em.tpr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>mdrun -s em.tpr -o em.trr -c new7.pdb -g em.log -e em.edr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>grompp -f pr.mdp -c new7.pdb -p new1.top -o pr.tpr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>mdrun -s pr.tpr -o pr.trr -c new9.mdp -e pr.edr -g pr.log&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</P><PRE style="MARGIN: 0em"></PRE>
<P><FONT face="新宋体"><TT>&nbsp;</TT></FONT><FONT face="新宋体"><TT>1 i run <FONT face="宋体">pdb2gmx and get the new1.pdb ,when checking the pdb with accelrys ds visualizer or sybyl,the atom FE was recognized as F (Fluorine)and the pdb miss the bonds between FE-S &amp;FE-N,i add or delete a blank space befor or after the FE in the pdb file,it was read as iron(FE) again but still missing;when checking the .top file,there&nbsp;was a FE (both atom name and type)and formed the FE-S &amp; FE-N bonds.</FONT></TT></FONT></P>
<P><TT><FONT face="宋体">if i ignore the above things,go on the command ,when runing the em.mdp there is a tip that Steepest Descents failed converged to Fmax &lt; 1000 in&nbsp;5001 steps.when run the pr.tpr,a error emerged as segment fatal error。</FONT></TT></P>
<P><FONT face="新宋体"><TT>2 <FONT face="新宋体">someone told me that i&nbsp;need both suitable parameters for your desired force field, and then <TT>to construct a correct topology.</TT></FONT><FONT face="宋体">&nbsp;</FONT><FONT face="新宋体">I read lots of papers,but most of them used amber force field.</FONT></TT></FONT><FONT face="新宋体"><TT>Does anyone known a paper with a gromacs <FONT face="新宋体">force field for HEME group?</FONT></TT></FONT></P>
<P><TT><FONT face="新宋体"><STRONG>please help me how handle those problems,how can i go on the simulation?</STRONG></FONT></TT></P>
<P><TT><FONT face="新宋体">the HEME-cysteine parameter in the rtp files,define themas a new residue.(is there any problems?)</FONT></TT></P>
<P><TT>[ HEME ]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;[ atoms ]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.28000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.28000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.10000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; SG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.40000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.38000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.84700&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; NA&nbsp;&nbsp;&nbsp; NR&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.37000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; NB&nbsp;&nbsp;&nbsp; NR&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.42300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; NC&nbsp;&nbsp;&nbsp; NR&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.50400&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>........<BR>&nbsp;[ bonds ]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; SG&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_30&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; SG&nbsp;&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_48&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; NA&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; NB&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; NC&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; ND&nbsp;&nbsp;&nbsp; gb_34&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TT></P>
<P><TT>.........&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TT><TT><BR>&nbsp;[ angles ]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp; gromos type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_30&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>&nbsp;.......&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>&nbsp;[ impropers ]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al&nbsp;&nbsp; gromos type<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; SG&nbsp;&nbsp;&nbsp; NA&nbsp;&nbsp;&nbsp; ND&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; SG&nbsp;&nbsp;&nbsp; NA&nbsp;&nbsp;&nbsp; NB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; SG&nbsp;&nbsp;&nbsp; NB&nbsp;&nbsp;&nbsp; NC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; FE&nbsp;&nbsp;&nbsp; SG&nbsp;&nbsp;&nbsp; NC&nbsp;&nbsp;&nbsp; ND&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>&nbsp;&nbsp;.........&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>&nbsp;[ dihedrals ]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al&nbsp;&nbsp; gromos type<BR>&nbsp; .........</TT><BR></P><SPAN title="neteasefooter">
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