I believe that this problem is about mpi installation.  <br><br>What mpi version was installed ? Lampi or openmpi.<br><br>There is a good tutorial about that in <a href="http://www.gromacs.org/WIKI-import/Quick_and_Dirty_Installation">http://www.gromacs.org/WIKI-import/Quick_and_Dirty_Installation</a><br>
<br>Best regards,<br><br clear="all">--<br>Rodrigo Antonio Faccioli<br>Ph.D Student in Electrical Engineering<br>University of Sao Paulo - USP<br>Engineering School of Sao Carlos - EESC<br>Department of Electrical Engineering - SEL<br>
Intelligent System in Structure Bioinformatics<br><a href="http://laips.sel.eesc.usp.br">http://laips.sel.eesc.usp.br</a><br>Phone: 55 (16) 3373-9366 Ext 229<br>Curriculum Lattes - <a href="http://lattes.cnpq.br/1025157978990218">http://lattes.cnpq.br/1025157978990218</a><br>

<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 27, 2009 at 7:14 AM, Silvia Giuliani <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:silvia.giuliani@cineca.it">silvia.giuliani@cineca.it</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear All<br>
<br>
Has anybody tried version 4.0.5 on an IBM Power6 (4.7Ghz) cluster?<br>
We have installed the program with the following configure options (using fftw we installed separately):<br>
<br>
./configure --with-fft=fftw2 --enable-mpi --enable-float CC=mpcc_r F77=mpxlf_r CXX=mpCC_r CFLAGS=&quot;-O3 -qarch=pwr6 -qtune=pwr6 -qcpluscmt&quot;<br>
<br>
It compiles and works but the performance is poor compared to our Opteron  Cluster (2.6Ghz)<br>
For example with 8 procs for a small protein in water we get 5.8ns/+day compared to 9.6 ns/day on the Linux cluster, which is a bit disappointing.<br>
Since there alot of compiler options to play with we would be grateful if somebody who has already found a good set would share them with us.<br>
<br>
best wishes<br>
Silvia Giuliani<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br>