Yeah I agree wiht you but I tested another protein as well 1BL8 to check if there was a problem specifically in 1K4C. Even after testing 1BL8 it gives me the same error. What do you think?<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 27, 2009 at 4:11 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im"><br>
<br>
sunny mishra wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear all,<br>
<br>
I was earlier facing problem regarding the mismatch of atoms in .top and .gro file and then after useful discussion here I figured out that some atoms were missing in my cg.pdb file and that problem is because of the OLDER atom2cg.awk script which MARTINI folks have in their website. When I was using the earlier version of atom2cg.awk script I had 776 atoms in my .gro file and 804 atoms in .itp file and thats why .top and .gro were not matching but again the same problem raised even after using the new atom2cg.awk script which they sent me but it included some ILE residues and now I have 784 atoms in .gro file and 804 atoms in .itp file<br>

<br>
</blockquote>
<br></div>
As I recall, the root problem was that the original .pdb file from the RCSB had missing atoms that you had not properly modeled back in.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I pretty much now know how to fix the script but I am confused in some of the things like:<br>
<br>
1) In the cleaned.pdb file of my protein the ARG residue in the atom2cg.awk script takes only CA, CG and NE with BN0, SC1, and SC2. If I want to include other atoms as well like NH1, NH2, CZ, CD etc what should I print for these atoms (either BN0, SC1, or SC2). As a matter of fact I don&#39;t know what do SC1, BN0, SC2 mean? <br>

</blockquote>
<br></div>
Hence the point of CG.  You don&#39;t account for every single atom that was in the atomistic structure.  BN0 = backbone particle, SC1 and SC2 are side chain particles that will be given specific attributes in the topology.<br>

<br>
You should probably refer to the MARTINI publications for a more clear understanding of how the force field was conceived and how it should be used.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
So, i don&#39;t know while adding other atoms for ARG residue what should I print for them and I searched in the martini website but could not find anything. Please let me know if you got my problem.<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Sunny<br>
<br>
<br>
<br></div>
------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br>