<div class="gmail_quote"><div>Is there a correct way to obtain the standard deviation for these data sets?<br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">



&gt;<br>
&gt; Ragnarok sdf wrote:<br>
&gt; &gt; When analysing FEP simulations. After running g_energy -f fep000.edr -f2<br>
&gt; &gt; fep_000-005.edr for obtaining the dF = -kT ln &lt; exp(-(EB-EA)/kT) &gt;A I<br>
&gt; tried<br>
&gt; &gt; to obtain the standard deviation for this ensemble average using<br>
&gt; g_analyze<br>
&gt; &gt; -f runavg.xvg, but I&#39;ve noticed that the average values are quite<br>
&gt; different<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; g_energy takes all values during your simulation into account, g_analyze<br>
&gt; only the printed datapoints.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
</blockquote></div><br>