<div style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 16px;"><br /><br /><span>On 08/28/09, teklebrh@ualberta.ca wrote:</span><blockquote cite="mid:20090827140532.20814ik38khcmyas@webmail.ualberta.ca" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Hi Justin,<br /><br />&quot;There is something physically unrealistic about your model&quot;<br /><br />You are right!<br /><br />The main problem I found out is that some of the structures in my Solution broke down......<br /><br />I used ...<br /><br />genbox -cp XXXX.grob -nmol 20 -ci insert.gro -cs spc216.gro XXX.top -XXXXXX.gro<br /><br />To generate multiple structures in a box. However, it creates overlap and my orginal structures broke down. I checked the structures!<br /><br />Can you please let me how to generate multiple structures in a fixed box at random or packed in a solutio (e.g water)<br /></div></blockquote>No, because that's not a well-defined proposition. You could generate a small box with one solute +solvent, and then use genbox to replicate it. Then when random velocities are generated and you equilibrate you will achieve the same effect you describe.<br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" />Mark<br _moz_dirty="" type="_moz" /></div>