
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META content=text/html;charset=iso-8859-1 http-equiv=Content-Type>

<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.6001.18812"></HEAD>

<BODY style="PADDING-LEFT: 10px; PADDING-RIGHT: 10px; PADDING-TOP: 15px" 

id=MailContainerBody leftMargin=0 topMargin=0 CanvasTabStop="true" 

name="Compose message area">

<DIV><FONT face=Calibri>Hi,</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Calibri></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Calibri>I run a two-molecule system with mdrun_d in a water box 

(~10000 water molecules.)</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Calibri>The program looks running properly (no errors nor 

warnnings)</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Calibri>However the program seems stop outputting files (because 

the output file size stop increases) after about 5min.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Calibri>The mdrun_d interface looks normal without any errors, 

the md.log contains only two saves:</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Calibri></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Calibri><FONT face="Times New Roman">Any help/suggestions will 

be greatly appreciated!</FONT></FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Calibri>Thank you!!</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Calibri>Stone Gao</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Calibri>**********************</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Calibri>Input Parameters:<BR>&nbsp;&nbsp; 

integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

md<BR>&nbsp;&nbsp; 

nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 40000<BR>&nbsp;&nbsp; 

init_step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= Grid<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>&nbsp;&nbsp; 

ndelta&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 2<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>&nbsp;&nbsp; 

comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

Linear<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 100<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 100<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 100<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 100<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

100<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

100<BR>&nbsp;&nbsp; 

init_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

delta_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0.0005<BR>&nbsp;&nbsp; 

xtcprec&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1e+06<BR>&nbsp;&nbsp; 

nkx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 60<BR>&nbsp;&nbsp; 

nky&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 60<BR>&nbsp;&nbsp; 

nkz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 90<BR>&nbsp;&nbsp; 

pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

4<BR>&nbsp;&nbsp; 

ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

1e-05<BR>&nbsp;&nbsp; ewald_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; epsilon_surface&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

TRUE<BR>&nbsp;&nbsp; 

ePBC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= xyz<BR>&nbsp;&nbsp; bPeriodicMols&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; bContinuation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; 

bShakeSOR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; 

etc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= Nose-Hoover<BR>&nbsp;&nbsp; 

epc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= No<BR>&nbsp;&nbsp; 

epctype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= Isotropic<BR>&nbsp;&nbsp; 

tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>&nbsp;&nbsp; ref_p (3x3):<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 

0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 

0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp; compress 

(3x3):<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 

0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 

0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp; 

refcoord_scaling&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<BR>&nbsp;&nbsp; posres_com 

(3):<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_com[0]= 

0.00000e+00<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_com[1]= 

0.00000e+00<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_com[2]= 

0.00000e+00<BR>&nbsp;&nbsp; posres_comB (3):<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

posres_comB[0]= 0.00000e+00<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_comB[1]= 

0.00000e+00<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posres_comB[2]= 

0.00000e+00<BR>&nbsp;&nbsp; 

andersen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 815131<BR>&nbsp;&nbsp; 

rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>&nbsp;&nbsp; 

rtpi&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0.05<BR>&nbsp;&nbsp; 

coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

PME<BR>&nbsp;&nbsp; rcoulomb_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>&nbsp;&nbsp; 

vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= Cut-off<BR>&nbsp;&nbsp; 

rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>&nbsp;&nbsp; 

epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

1<BR>&nbsp;&nbsp; 

epsilon_rf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

1<BR>&nbsp;&nbsp; 

tabext&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>&nbsp;&nbsp; implicit_solvent&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

No<BR>&nbsp;&nbsp; gb_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= Still<BR>&nbsp;&nbsp; gb_epsilon_solvent&nbsp;&nbsp; = 80<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstgbradii&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

1<BR>&nbsp;&nbsp; 

rgbradii&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 2<BR>&nbsp;&nbsp; 

gb_saltconc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; gb_obc_alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

1<BR>&nbsp;&nbsp; 

gb_obc_beta&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0.8<BR>&nbsp;&nbsp; gb_obc_gamma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 4.85<BR>&nbsp;&nbsp; sa_surface_tension&nbsp;&nbsp; = 2.092<BR>&nbsp;&nbsp; 

DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= No<BR>&nbsp;&nbsp; 

free_energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

no<BR>&nbsp;&nbsp; 

init_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

sc_alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

sc_power&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

sc_sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0.3<BR>&nbsp;&nbsp; 

delta_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

nwall&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

wall_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

9-3<BR>&nbsp;&nbsp; wall_atomtype[0]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

-1<BR>&nbsp;&nbsp; wall_atomtype[1]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -1<BR>&nbsp;&nbsp; 

wall_density[0]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

wall_density[1]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

wall_ewald_zfac&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3<BR>&nbsp;&nbsp; 

pull&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= no<BR>&nbsp;&nbsp; 

disre&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= No<BR>&nbsp;&nbsp; disre_weighting&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

Conservative<BR>&nbsp;&nbsp; 

disre_mixed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; 

dr_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1000<BR>&nbsp;&nbsp; 

dr_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstdisreout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

100<BR>&nbsp;&nbsp; 

orires_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

orires_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstorireout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

100<BR>&nbsp;&nbsp; 

dihre-fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1000<BR>&nbsp;&nbsp; 

em_stepsize&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0.01<BR>&nbsp;&nbsp; 

em_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 10<BR>&nbsp;&nbsp; 

niter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 20<BR>&nbsp;&nbsp; 

fc_stepsize&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstcgsteep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

1000<BR>&nbsp;&nbsp; 

nbfgscorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

10<BR>&nbsp;&nbsp; 

ConstAlg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= Lincs<BR>&nbsp;&nbsp; 

shake_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0.0001<BR>&nbsp;&nbsp; 

lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

4<BR>&nbsp;&nbsp; lincs_warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

30<BR>&nbsp;&nbsp; 

lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

1<BR>&nbsp;&nbsp; 

bd_fric&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

ld_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1993<BR>&nbsp;&nbsp; 

cos_accel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; deform (3x3):<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

deform[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 

0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deform[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 

0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; deform[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp; 

userint1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

userint2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

userint3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

userint4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

userreal1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

userreal2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

userreal3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

userreal4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>grpopts:<BR>&nbsp;&nbsp; nrdf:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

96048<BR>&nbsp;&nbsp; ref_t:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

300<BR>&nbsp;&nbsp; tau_t:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.5<BR>anneal:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

No<BR>ann_npoints:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

acc:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

nfreeze:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<BR>&nbsp;&nbsp; 

energygrp_flags[&nbsp; 0]: 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

efield-x:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

efield-xt:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

efield-y:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

efield-yt:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

efield-z:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

efield-zt:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

bQMMM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; QMconstraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

QMMMscheme&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

scalefactor&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

1<BR>qm_opts:<BR>&nbsp;&nbsp; 

ngQM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>Table routines are used for coulomb: TRUE<BR>Table routines are used for 

vdw:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FALSE<BR>Will do PME sum in reciprocal 

space.</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Calibri>++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE 

++++<BR>U. Essman, L. Perela, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee and L. G. 

Pedersen <BR>A smooth particle mesh Ewald method<BR>J. Chem. Phys. 103 (1995) 

pp. 8577-8592<BR>-------- -------- --- Thank You --- -------- 

--------</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Calibri>Using a Gaussian width (1/beta) of 0.320163 nm for 

Ewald<BR>Cut-off's:&nbsp;&nbsp; NS: 1&nbsp;&nbsp; Coulomb: 1&nbsp;&nbsp; LJ: 

1<BR>System total charge: -20.000<BR>Generated table with 4000 data points for 

Ewald.<BR>Tabscale = 2000 points/nm<BR>Generated table with 4000 data points for 

LJ6.<BR>Tabscale = 2000 points/nm<BR>Generated table with 4000 data points for 

LJ12.<BR>Tabscale = 2000 points/nm</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Calibri>Enabling SPC water optimization for 10139 

molecules.</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Calibri>Configuring nonbonded kernels...<BR>Testing ia32 SSE2 

support... present.</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV><FONT face=Calibri>

<DIV><BR>Removing pbc first time<BR>Center of mass motion removal mode is 

Linear<BR>We have the following groups for center of mass motion 

removal:<BR>&nbsp; 0:&nbsp; rest<BR>There are: 32017 Atoms<BR>Max number of 

connections per atom is 37<BR>Total number of connections is 102233<BR>Max 

number of graph edges per atom is 4<BR>Total number of graph edges is 

44156<BR>Initial temperature: 0 K</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>Started mdrun on node 0 Tue Sep&nbsp; 1 15:25:43 2009</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>Grid: 9 x 9 x 14 cells<BR>&nbsp;&nbsp; Energies 

(kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper 

Dih.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.35232e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3.27635e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.09937e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.73811e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2.47097e+03<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; 

Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.48669e+05&nbsp;&nbsp; -4.50390e+05&nbsp;&nbsp; -1.89304e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.78117e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.38796e+05<BR>&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp; 

Conserved En.&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

4.56608e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.56608e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.09892e+03&nbsp;&nbsp; -5.74950e+04</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.05000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;&nbsp; Energies 

(kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper 

Dih.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.38536e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.06967e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.21584e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

4.26526e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3.13457e+03<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; 

Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

8.73487e+04&nbsp;&nbsp; -5.64854e+05&nbsp;&nbsp; -4.48577e+04&nbsp;&nbsp; 

-1.57422e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.56524e+05<BR>&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp; 

Conserved En.&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.99102e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.60608e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

8.92881e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.56563e+04</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Calibri>**********************</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Calibri></FONT>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>