It&#39;s just the electrical charge on the surface of the molecule, at the interface between the molecule and solvent.<br><br><div class="gmail_quote">2009/9/1 Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span><br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5">Lili Peng wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Gromacs users,<br>
<br>
Is there a way to determine the surface charge of a molecule solvated in a<br>
water box?  I&#39;m aware that g_density can be used to determine the electronic<br>
charge density across a box system and g_potential can be used to determine<br>
the electrostatic potential across the box.  Is there a way to determine<br>
just the surface charge of a molecule itself, neglecting the solvent?  Or<br>
should I resort to software like APBS?<br>
</blockquote>
<br></div></div>
Define &quot;surface charge&quot; :-)<br>
<br>
Mark<br>
_______________________________________________<br>
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</blockquote></div><br><br>