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<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>Gromacs 4 no longer has ppa and pdo files.<br>The pull parameters are part of the mdp options, have a look at the manual.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Wed, 2 Sep 2009 09:40:56 -0400<br>From: vhariharan2.gromacs@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] Gromacs 4.0.4 - Pull.pdo File<br><br>Hello,<br><br>My .mdp file, .ppa file and mdrun command are provided below.&nbsp; After running a constraint simulation, I am not getting a .pdo file output with the forces between two groups I've specified in my .ppa file.&nbsp; I have set a value for nstfout in the .mdp file (as shown), and used the -pd option in the mdrun command.&nbsp; Anything I'm not seeing/doing correctly? Since I've already run the simulation without getting a .pdo output, is there any command to extract that data without re-reunning the simulation?&nbsp; All suggestions are appreciated! Thanks.<br>
<br><br><br><b>.MDP FILE</b><br><br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = MD Simulation<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = /lib/cpp<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = none<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50000<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>
nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 200<br>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 200<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>
vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>
pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br><br>; Berendsen Temperature Coupling<br>tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = protein non-protein<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1 0.1<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300 300<br><br>; Parinello-Rahman Pressure Coupling<br>
pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = Parrinello-Rahman<br>pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.5e-5<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br><br>; Generate Velocities<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300.0<br>
gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 173529<br><br><b>.PPA FILE</b><br><br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = Pull Parameters for 3BPAdelDAL<br>pull&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = constraint<br>pull_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = distance<br>pull_dim&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = Y Y Y<br>pull_group0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = CTerminus<br>
pull_group1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = NTerminus<br><br><b>MDRUN COMMAND</b><br><br>mdrun -s md.tpr -pi pull.ppa -pn index.ndx -x md_traj.xtc -po kifpull.ppa -pd pull.pdo -o md.trr -c kif_md.pdb -e md.edr -g md.log<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
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