<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>I also just recalled that we have a bug report open since two years already<br>about drift of the COM:<br>http://bugzilla.gromacs.org/show_bug.cgi?id=165<br>But in that case double precision did not change anything, so that does not<br>seem to be a precision issue.<br>Here tau_p was 1 ps, but up till now we did not manage to find the source<br>of this problem.<br><br>Thus it would be useful to see if a shorter tau_p fixes it in your case.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Wed, 2 Sep 2009 17:21:46 +0200<br>Subject: Re: [gmx-users] Martini simulation problem in recentering trajectory         so that the bilayer is at the center<br>From: mariagoranovic@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>I will change the tau_p values, and report back. This might take more than a week though.<br><br>maria<br><br><br><div class="EC_gmail_quote">On Wed, Sep 2, 2009 at 5:16 PM, Berk Hess <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx3@hotmail.com">gmx3@hotmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="EC_gmail_quote" style="padding-left: 1ex;">



<div>
It might actually affect the center of mass motion removal,<br>because you would be scaling your system with 1 +- 1 bit at every step.<br>This could produce consistent rounding in one direction in single precision,<br>causing the system to move in one direction.<br>
<br>This is something we should check in general.<br>Often people are using too small tau_p values, like 0.5 or 1 ps,<br>so I advise them to use 5 or 10 ps.<br>But if larger values cause problems in single precision we should be aware<br>
of this.<br><br>Could you report back if changing tau_p solves the drifting problem?<br><br>Berk<br><br><hr>Date: Wed, 2 Sep 2009 17:06:50 +0200<div class="EC_im"><br>Subject: Re: [gmx-users] Martini simulation problem in recentering trajectory         so that the bilayer is at the center<br>
</div>From: <a href="mailto:mariagoranovic@gmail.com">mariagoranovic@gmail.com</a><div><div></div><div class="h5"><br>To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>Oh dear. That is not good. the missing decimal point in tau_p it is a typo all right. but it seems i have used it in the simulations too. thank you for noticing, Xavier. <br><br>that forces&nbsp; redoing a lot of simulations. <br>

<br>that said, it should still not impact the center of mass removal anyway? <br><br>-maria<br><br><div>On Wed, Sep 2, 2009 at 4:50 PM, XAvier Periole <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl">x.periole@rug.nl</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote style="padding-left: 1ex;"><div><div><br></div>your second value for tau_p&nbsp;is&nbsp;missing&nbsp;the&nbsp;"."&nbsp;is&nbsp;this&nbsp;a&nbsp;typo?<div>
<div></div><div><div><br><div><div>On Sep 2, 2009, at 4:45 PM, maria goranovic wrote:</div><br><blockquote>Here are the mdp parameters:<br><br><br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; POPC<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /usr/bin/cpp<br>

integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.030<br> nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3000000<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>comm-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= Lipid W<br><br>; OUTPUT CONTROL OPTIONS = <br>

; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f) = <br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 30000<br> nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 30000<br>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 30000<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 30000<br>

<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br> rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2<br><br>; Method for doing electrostatics = <br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Shift <br>

rcoulomb_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2<br>epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 15<br>vdw_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Shift <br> ; cut-off lengths&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <br>rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2<br>

DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br><br>; Temperature coupling&nbsp;&nbsp; = <br>tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Lipid W<br> tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.3 0.3<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 323 323<br>

; Pressure coupling&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen <br>Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; semiisotropic<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 3.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30<br> compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 3e-5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3e-5<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>

<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = none <br>constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Lincs<br>unconstrained_start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br> lincs_warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 30<br><br><br><div>On Wed, Sep 2, 2009 at 4:33 PM, Berk Hess <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx3@hotmail.com">gmx3@hotmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote style="padding-left: 1ex;"> <div> Hi,<br><br>I am 99.99% sure that there is no problem with COM motion removal in Gromacs.<br>
Could you post your mdp parameters?<br><br>Berk<br><br>&gt; From: <a href="mailto:x.periole@rug.nl">x.periole@rug.nl</a><br> &gt; To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>

&gt; Subject: Re: [gmx-users] Martini simulation problem in recentering trajectory        so that the bilayer is at the center<br>&gt; Date: Wed, 2 Sep 2009 16:04:39 +0200<div> <div></div><div><br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; I am not sure how to fix the trajectory that has drifted ...<br>

&gt; <br>&gt; But if your bilayer drifts even if you use a removal of the COM for  <br>&gt; the water and<br> &gt; bilayer separately that means there is problem in the code! And this  <br>&gt; should be<br>&gt; fixed.<br>

&gt; <br>&gt; XAvier.<br>&gt; <br>&gt; On Sep 2, 2009, at 3:36 PM, maria goranovic wrote:<br>&gt; <br>&gt; &gt; Dear Experts<br> &gt; &gt;<br>&gt; &gt; I had posted this earlier, but the problem was not solved by earlier  <br>

&gt; &gt; suggestions. So am posting again.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I am simulating a POPC bilayer using MARTINI. The simulation ran  <br> &gt; &gt; fine, but the bilayer drifted towards the edge of the box along the  <br>

&gt; &gt; bilayer normal, and eventually some of the atoms crossed the box  <br>&gt; &gt; boundaries. In some cases, entire lipid molecules crossed the box  <br> &gt; &gt; boundaries. I tried to recenter the trajectory, so that the lipid  <br>

&gt; &gt; bilayer would be at the center of the box at all times. But for some  <br>&gt; &gt; reason, this does not seem to work? I have tried simulations using a  <br> &gt; &gt; single comm_group for the entire system, as well as separate ones  <br>

&gt; &gt; for the lipid and water, but the same problem appears in either case.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Typically, for all-atom bilayers, the following set of commands  <br> &gt; &gt; works to correct the drift:<br>&gt; &gt;<br>

&gt; &gt; #### first convert original trajectory to a temp. xtc ###<br>&gt; &gt; echo  3 0 | trjconv -s *tpr -f original.xtc -o temp.xtc -center - <br>&gt; &gt; boxcenter zero -pbc mol -n popc.ndx<br> &gt; &gt; #### then convert temp.xtc to the final trajecory ###<br>

&gt; &gt; echo  3 0 | trjconv -s k*tpr -f temp.xtc -o final.xtc  -center - <br>&gt; &gt; boxcenter zero  -pbc mol -n popc.ndx<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; where groups 3 and 0 are the lipid and the whole system  <br> &gt; &gt; respectively, and final.xtc is my final trajectory.<br>

&gt; &gt;<br>&gt; &gt; However, this does not work for the MARTINI systems. Looking at the  <br>&gt; &gt; final trajectory in VMD, the bilayer is either at the center of the  <br> &gt; &gt; box, or it is split at the box edges, with each monomer being in  <br>

&gt; &gt; different leaflets.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; If I plot the center of mass motion of the entire system in the  <br>&gt; &gt; original trajectory .. the system seems to drift by ~ 2-3 angstroms  <br> &gt; &gt; in one direction. As a result, water center of mass drifts in the  <br>

&gt; &gt; opposite direction (because of PBC).<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Are there any suggestions to sort this out? One option is  to write  <br> &gt; &gt; the entire trajectory to .gro files, recenter all of them (depending  <br>

&gt; &gt; upon whether the bilayer is in the center or is split at the box  <br>&gt; &gt; edge), and concatenate the gro files again.but this is tedious, even  <br> &gt; &gt; if scripted.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Please let me know if i can provide any additional info ?<br>

&gt; &gt;<br>&gt; &gt; -- <br>&gt; &gt; Maria G.<br>&gt; &gt; Technical University of Denmark<br>&gt; &gt; Copenhagen<br> &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>

&gt; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br> &gt; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before  <br>

&gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br> &gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

&gt; &gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br> &gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>

&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

 &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

 &gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br><hr></div></div>Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href="http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/">MSN Messenger</a></div>

 <br>_______________________________________________<br> gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

 Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br> www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

 Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>

 Copenhagen<br> _______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></blockquote></div><br></div></div></div></div><br>_______________________________________________<br>


gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>

Copenhagen<br><br><hr>Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href="http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/">MSN Messenger</a></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>
Copenhagen<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>