I will try centering with one of the lipid tail atoms .. that could solve the problem.<br><br>This the way I have specified the comm_groups:<br><br><span class="gI">nstcomm = 1<br>comm-grps = Lipid W<br><br>OR<br><br>nstcom = 1<br>
comm-grps = system<br><br>-Maria<br></span><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 2, 2009 at 4:04 PM, XAvier Periole <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl">x.periole@rug.nl</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
I am not sure how to fix the trajectory that has drifted ...<br>
<br>
But if your bilayer drifts even if you use a removal of the COM for the water and<br>
bilayer separately that means there is problem in the code! And this should be<br>
fixed.<br>
<br>
XAvier.<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
On Sep 2, 2009, at 3:36 PM, maria goranovic wrote:<br>
<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5">
Dear Experts<br>
<br>
I had posted this earlier, but the problem was not solved by earlier suggestions. So am posting again.<br>
<br>
I am simulating a POPC bilayer using MARTINI. The simulation ran fine, but the bilayer drifted towards the edge of the box along the bilayer normal, and eventually some of the atoms crossed the box boundaries. In some cases, entire lipid molecules crossed the box boundaries. I tried to recenter the trajectory, so that the lipid bilayer would be at the center of the box at all times. But for some reason, this does not seem to work? I have tried simulations using a single comm_group for the entire system, as well as separate ones for the lipid and water, but the same problem appears in either case.<br>

<br>
Typically, for all-atom bilayers, the following set of commands works to correct the drift:<br>
<br>
#### first convert original trajectory to a temp. xtc ###<br>
echo  3 0 | trjconv -s *tpr -f original.xtc -o temp.xtc -center -boxcenter zero -pbc mol -n popc.ndx<br>
#### then convert temp.xtc to the final trajecory ###<br>
echo  3 0 | trjconv -s k*tpr -f temp.xtc -o final.xtc  -center -boxcenter zero  -pbc mol -n popc.ndx<br>
<br>
where groups 3 and 0 are the lipid and the whole system respectively, and final.xtc is my final trajectory.<br>
<br>
However, this does not work for the MARTINI systems. Looking at the final trajectory in VMD, the bilayer is either at the center of the box, or it is split at the box edges, with each monomer being in different leaflets.<br>

<br>
If I plot the center of mass motion of the entire system in the original trajectory .. the system seems to drift by ~ 2-3 angstroms in one direction. As a result, water center of mass drifts in the opposite direction (because of PBC).<br>

<br>
Are there any suggestions to sort this out? One option is  to write the entire trajectory to .gro files, recenter all of them (depending upon whether the bilayer is in the center or is split at the box edge), and concatenate the gro files again.but this is tedious, even if scripted.<br>

<br>
Please let me know if i can provide any additional info ?<br>
<br>
-- <br>
Maria G.<br>
Technical University of Denmark<br>
Copenhagen<br></div></div><div class="im">
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></blockquote><div class="im">
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br></div>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<div><div></div><div class="h5">
<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>Copenhagen<br>