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Then you were lucky with Gromacs 3.<br>The pull code in Gromacs 3 does not treat pbc at all,<br>so I am surprised that it worked.<br><br>I just realized that pull_pbcatom is always set in Gromacs 4.<br>Maybe it would be enough to add pull_start=yes.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Wed, 2 Sep 2009 14:38:35 +0200<br>&gt; From: alexander.herz@mytum.de<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] t_trxframe speed units<br>&gt; <br>&gt; I will try this, thx for the help.<br>&gt; <br>&gt; Anyways, what is the correct way to do what I want with gromacs 4?<br>&gt; (apparently the setup I tryed to use worked for gromacs 3, since I<br>&gt; ported the input data<br>&gt; from old sims and now I'm trying to recreate the old results).<br>&gt; <br>&gt; Alex<br>&gt; <br>&gt; Berk Hess schrieb:<br>&gt; &gt; The simple issue is that a center of mass is not uniquely defined<br>&gt; &gt; for a periodic group of particles.<br>&gt; &gt; If you work on the velocity level, this problem is easy to solve.<br>&gt; &gt; But the pull code works on the coordinate level.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Try with pull_pbcatom set, it might work.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Berk<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;   <br>&gt; &gt;&gt; Date: Wed, 2 Sep 2009 14:11:11 +0200<br>&gt; &gt;&gt; From: alexander.herz@mytum.de<br>&gt; &gt;&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;&gt; Subject: Re: [gmx-users] t_trxframe speed units<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; We wanted to use 2 slabs so that the net impuls is conserved.<br>&gt; &gt;&gt; Also I'm looking at the slip length, so I actually want to extract the<br>&gt; &gt;&gt; velocity profile of the water in between the two diamond slabs. I'm<br>&gt; &gt;&gt; pulling in x (the pull setup is reproduced at the bottom of the old<br>&gt; &gt;&gt; mail) and I'm using pbc in 3d.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; What is the problem with pulling the diamond slabs at const speed? I<br>&gt; &gt;&gt; don't actually care where exactly they are.<br>&gt; &gt;&gt; I only care about the boundary condition at the diamond water interface<br>&gt; &gt;&gt; (so that the diamond moves along the surface<br>&gt; &gt;&gt; with v=cst). I mean, I'm pulling with "direction" not distance, why does<br>&gt; &gt;&gt; "direction" care about the COM distance?<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; Would it work with absolute coords (empty pullgroup0, pullgroup1=DIAM1<br>&gt; &gt;&gt; and pullgroup2=DIAM2)??<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; Alex<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; Berk Hess schrieb:<br>&gt; &gt;&gt;     <br>&gt; &gt;&gt;&gt; Ah, maybe now I understand the issue.<br>&gt; &gt;&gt;&gt; Are you pulling in x and are the slabs periodic in x?<br>&gt; &gt;&gt;&gt; That will not work, as the COM is not defined in a periodic direction<br>&gt; &gt;&gt;&gt;       <br>&gt; &gt;&gt;&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt;&gt;&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;&gt;&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;&gt;&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt;&gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; &gt;&gt;&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;&gt;&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
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