<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Unfortunately the manual was made before these lines where removed<br>from the mdrun help text.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Wed, 2 Sep 2009 12:40:23 -0400<br>Subject: Re: [gmx-users] Gromacs 4.0.4 - Pull.pdo File<br>From: vhariharan2.gromacs@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>Hello,<br><br>Thanks for the info.á The information on page 280 of the GROMACS v4 manual making reference to the -pi -po -pd -pn options is what mislead me.á Thanks again!<br><br>--Venk<br><br><div class="EC_gmail_quote">On Wed, Sep 2, 2009 at 9:50 AM, aherz <span dir="ltr"><<a href="mailto:alexander.herz@mytum.de">alexander.herz@mytum.de</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="EC_gmail_quote" style="padding-left: 1ex;">Hi,<br>
<br>
in gromacs 4 the pulling commands are part of the mdp file so copy the<br>
contents of your ppa file into your mdp file.<br>
<br>
Alex<br>
<br>
V Hariharan schrieb:<br>
<div><div></div><div class="h5">> Hello,<br>
><br>
> My .mdp file, .ppa file and mdrun command are provided below. áAfter<br>
> running a constraint simulation, I am not getting a .pdo file output<br>
> with the forces between two groups I've specified in my .ppa file. áI<br>
> have set a value for nstfout in the .mdp file (as shown), and used the<br>
> -pd option in the mdrun command. áAnything I'm not seeing/doing<br>
> correctly? Since I've already run the simulation without getting a<br>
> .pdo output, is there any command to extract that data without<br>
> re-reunning the simulation? áAll suggestions are appreciated! Thanks.<br>
><br>
><br>
><br>
> *.MDP FILE*<br>
><br>
> title á á á á á á= MD Simulation<br>
> cpp á á á á á á= /lib/cpp<br>
> constraints á á á á= none<br>
> integrator á á á á= md<br>
> dt á á á á á á= 0.002<br>
> nsteps á á á á á á= 50000<br>
> nstcomm á á á á á á=<br>
> nstxout á á á á á á= 200<br>
> nstxtcout á á á á= 200<br>
> nstvout á á á á á á= 0<br>
> nstfout á á á á á á= 1<br>
> nstlist á á á á á á= 10<br>
> ns_type á á á á á á= grid<br>
> rlist á á á á á á= 1.0<br>
> coulombtype á á á á= PME<br>
> rcoulomb á á á á=<br>
> vdwtype á á á á á á= cut-off<br>
> rvdw á á á á á á=<br>
> fourierspacing á á á á=<br>
> fourier_nx á á á á=<br>
> fourier_ny á á á á=<br>
> fourier_nz á á á á=<br>
> pme_order á á á á=<br>
> ewald_rtol á á á á=<br>
> optimize_fft á á á á= yes<br>
> pbc á á á á á á= xyz<br>
><br>
> ; Berendsen Temperature Coupling<br>
> tcoupl á á á á á á= berendsen<br>
> tc-grps á á á á á á= protein non-protein<br>
> tau_t á á á á á á= 0.1 0.1<br>
> ref_t á á á á á á= 300 300<br>
><br>
> ; Parinello-Rahman Pressure Coupling<br>
> pcoupl á á á á á á= Parrinello-Rahman<br>
> pcoupltype á á á á= isotropic<br>
> tau_p á á á á á á= 1.0<br>
> compressibility á á á á= 4.5e-5<br>
> ref_p á á á á á á= 1.0<br>
><br>
> ; Generate Velocities<br>
> gen_vel á á á á á á= yes<br>
> gen_temp á á á á= 300.0<br>
> gen_seed á á á á= 173529<br>
><br>
> *.PPA FILE*<br>
><br>
> title á á á á á á= Pull Parameters for 3BPAdelDAL<br>
> pull á á á á á á= constraint<br>
> pull_geometry á á á á= distance<br>
> pull_dim á á á á= Y Y Y<br>
> pull_group0 á á á á= CTerminus<br>
> pull_group1 á á á á= NTerminus<br>
><br>
> *MDRUN COMMAND*<br>
><br>
> mdrun -s md.tpr -pi pull.ppa -pn index.ndx -x md_traj.xtc -po<br>
> kifpull.ppa -pd pull.pdo -o md.trr -c kif_md.pdb -e md.edr -g md.log<br>
</div></div>> ------------------------------------------------------------------------<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> gmx-users mailing list á á<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
> Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
> www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
> Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list á á<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>