Hello,<br><br>My .mdp file, .ppa file and mdrun command are provided below.  After running a constraint simulation, I am not getting a .pdo file output with the forces between two groups I&#39;ve specified in my .ppa file.  I have set a value for nstfout in the .mdp file (as shown), and used the -pd option in the mdrun command.  Anything I&#39;m not seeing/doing correctly? Since I&#39;ve already run the simulation without getting a .pdo output, is there any command to extract that data without re-reunning the simulation?  All suggestions are appreciated! Thanks.<br>
<br><br><br><b>.MDP FILE</b><br><br>title            = MD Simulation<br>cpp            = /lib/cpp<br>constraints        = none<br>integrator        = md<br>dt            = 0.002<br>nsteps            = 50000<br>nstcomm            =<br>
nstxout            = 200<br>nstxtcout        = 200<br>nstvout            = 0<br>nstfout            = 1<br>nstlist            = 10<br>ns_type            = grid<br>rlist            = 1.0<br>coulombtype        = PME<br>rcoulomb        =<br>
vdwtype            = cut-off<br>rvdw            =<br>fourierspacing        =<br>fourier_nx        =<br>fourier_ny        =<br>fourier_nz        =<br>pme_order        =<br>ewald_rtol        =<br>optimize_fft        = yes<br>
pbc            = xyz<br><br>; Berendsen Temperature Coupling<br>tcoupl            = berendsen<br>tc-grps            = protein non-protein<br>tau_t            = 0.1 0.1<br>ref_t            = 300 300<br><br>; Parinello-Rahman Pressure Coupling<br>
pcoupl            = Parrinello-Rahman<br>pcoupltype        = isotropic<br>tau_p            = 1.0<br>compressibility        = 4.5e-5<br>ref_p            = 1.0<br><br>; Generate Velocities<br>gen_vel            = yes<br>gen_temp        = 300.0<br>
gen_seed        = 173529<br><br><b>.PPA FILE</b><br><br>title            = Pull Parameters for 3BPAdelDAL<br>pull            = constraint<br>pull_geometry        = distance<br>pull_dim        = Y Y Y<br>pull_group0        = CTerminus<br>
pull_group1        = NTerminus<br><br><b>MDRUN COMMAND</b><br><br>mdrun -s md.tpr -pi pull.ppa -pn index.ndx -x md_traj.xtc -po kifpull.ppa -pd pull.pdo -o md.trr -c kif_md.pdb -e md.edr -g md.log<br>