<br><br>Hi <br>I was testing the same lysozyme.pdb file under 3.3.3 and 4.0.5 version under 16 nodes.<br><br>Simply, lysozyme.pdb + water. <br>There is no problems (errors) with 3.3.3 version.<br><br><br>However, with 4.0.5 version, the same lysozyme pdb file with the same simulation condition.<br>
except mdrun -pd with minimisation steps<br><br>Then, <br><h4>Relaxation of solvent and hydrogen atom positions: Position restrained MD</h4>It shows the following errors.<br>-------------------------------------------------------<br>
Program mdrun_mpi, VERSION 4.0.5<br>Source code file: domdec.c, line: 3651<br><br>Fatal error:<br>A charge group moved too far between two domain decomposition steps<br>This usually means that your system is not well equilibrated<br>
-------------------------------------------------------<br><br> <br>How does it happen?<br>Why?<br><br>Thank you<br>Lin<br><br><br><br><br><br><br>