
<html>

<head>

<style>

.hmmessage P

{

margin:0px;

padding:0px

}

body.hmmessage

{

font-size: 10pt;

font-family:Verdana

}

</style>

</head>

<body class='hmmessage'>

This is tricky matter.<br><br>The direct interaction between the ions is 1/(4 pi eps0) r (ignoring periodic effects).<br>However, the interaction is screened by the water and therefore the effective<br>interaction is 1/(4 pi eps0 epsr) r, where epsr is the dielectric constant of the water model.<br>The periodic effects depend on the distance relative to the box size<br>and they depend on the complete contents of the system.<br><br>I don't understand what you want to determine exactly.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Fri, 4 Sep 2009 14:36:30 +0400<br>From: ale.odinokov@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] question about PME<br><br><div>Hello everyone,<br></div><div>We calculate the potential of mean force (PMF) for the ion pair AB (the solute) in a solvent. The computation is made in terms of the COM pulling. The PMF includes both the solute-solvent and intrasolute interactions. We are interested only in the solvation energy, i. e. the electroststic interaction between A and B must be eliminated from the PMF. The question is, whether we have to subtract the true Coulomb energy 1/R (R is the inter-ionic distance) or this term is distorted during the PME computation and must be modified in some way before being subtracted.</div>

<div></div><div>Thanks in advance for your help,</div><div></div><div>Alexey Odinokov</div><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>

</html>