<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>The LIE approach might work in vacuum (although the vacuum itself is a gross approximation).<br>But I don't see how you can do that in solution.<br>The only way to get a reasonable estimate is by doing free-energy calculations,<br>either PMF or growing the ligand.<br><br>Another possibility could be implicit solvent models, which will be available in Gromacs 4.1.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Tue, 8 Sep 2009 12:19:00 +1000<br>&gt; From: Mark.Abraham@anu.edu.au<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] ligand energy calculation PME simulation<br>&gt; <br>&gt; Antonio Coluccia wrote:<br>&gt; &gt; Hi All<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; I have  problems with the binding energy. I have done a series of dynamics simulation on a series of analogues compounds using PME and i would like to compute the binding energy of all the analyzed compounds.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; I have read a lot on the mail archive but it is still unclear. I have done a dynamics of the complex (protein+ligand) and I repeated the same analysis for the ligand in solution. I am not using g_lie since I used PME. I'm using the aveage values for Coul and LJ energy but the resulting binding energy is not real. What I have to do to avoid PME contribution. I am doing same mistakes ?<br>&gt; <br>&gt; Either avoid using PME, or do a real free energy calculation (which will <br>&gt; only be feasible for a very small ligand), or do an implicit solvation <br>&gt; estimate using (e.g.) APBS.<br>&gt; <br>&gt; Mark<br>&gt; <br>&gt; &gt; Could someone help me please? Any idea will be really appreciated.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Ant.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />What can you do with the new Windows Live? <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>Find out</a></body>
</html>