<br>Dear Justin,<br><br>The initial configuration for this simulation is
the configuration obtained from 10 ns of simulation. The only thing
that is changed is that I now consider a nanotube as a single rigid
body connected by bonds, so that I can make the nanotube move along the
x-direction as a whole.<br>
<br>I did write a small FORTRAN code to check for atomic overlap
(especially between FMN and CNT, FMN-CMT , SOD-CNT, SOD-CMT). I could
not find any atomic pair less than 0.3 nm.<br><br>Thanks<br><font color="#888888">Rajesh<br></font><br><br><br>