<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
You don't need a gro file.<br>If you do, for instance, grompp -h<br>you will see that all Gromacs programs can read pdb as well as gro.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Wed, 9 Sep 2009 17:29:15 -0700<br>From: kgp.amit@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] bypassing pdb2gmx<br><br>hi everyone,<div><br></div><div>I have a pdb file of my system and i want it to be fed into the GROMACS software. I have a new force field for the simulation and i have made the .top file manually which includes the new library FF files. I need to get a .gro file from the .pdb file that i have. So, is there a way out to do this without incorporating pdb2gmx because i dont use the standard FF and i dont really have all the other datafiles for the new FF except for necessary bond and nonbonded infos.</div>
<div><br></div><div>Amit</div><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>