hi everyone,<div><br></div><div>I am trying to set up a very small simulation with DPPC lipid. I am using the GROMOS96 53a6 FF. Now i have my pdb file which looks like </div><div><br></div><div><div>ATOM      1  C33  DPPC    1      15.771  52.651   9.201  1.00  0.00</div>
<div>ATOM      2  C34  DPPC    1      16.750  52.953  11.353  1.00  0.00</div><div>ATOM      3  C35  DPPC    1      16.477  54.817   9.854  1.00  0.00</div><div>ATOM      4  N    DPPC    1      16.796  53.384   9.947  1.00  0.00</div>
<div>ATOM      5  C32  DPPC    1      18.082  53.008   9.318  1.00  0.00</div><div>ATOM      6  C31  DPPC    1      19.292  53.957   9.530  1.00  0.00</div><div>ATOM      7  O32  DPPC    1      19.653  54.093  10.906  1.00  0.00</div>
<div>ATOM      8  P    DPPC    1      20.931  54.971  11.160  1.00  0.00</div><div>ATOM      9  O33  DPPC    1      21.965  54.328  10.317  1.00  0.00</div><div>ATOM     10  O34  DPPC    1      20.513  56.372  10.957  1.00  0.00</div>
<div>ATOM     11  O31  DPPC    1      21.096  54.572  12.688  1.00  0.00</div><div>ATOM     12  C3   DPPC    1      20.436  55.317  13.711  1.00  0.00</div><div>ATOM     13  C2   DPPC    1      20.715  54.687  15.095  1.00  0.00</div>
<div>ATOM     14  O21  DPPC    1      20.250  55.525  16.189  1.00  0.00</div><div>ATOM     15  C21  DPPC    1      18.977  55.438  16.644  1.00  0.00</div><div>ATOM     16  O22  DPPC    1      18.253  54.474  16.407  1.00  0.00</div>
<div>ATOM     17  C22  DPPC    1      18.585  56.603  17.549  1.00  0.00</div><div>ATOM     18  C23  DPPC    1      17.728  56.214  18.751  1.00  0.00</div><div>ATOM     19  C24  DPPC    1      17.396  57.481  19.541  1.00  0.00</div>
<div>ATOM     20  C25  DPPC    1      16.456  57.200  20.713  1.00  0.00</div><div>ATOM     21  C26  DPPC    1      16.196  58.488  21.496  1.00  0.00</div><div>ATOM     22  C27  DPPC    1      15.247  58.258  22.678  1.00  0.00</div>
<div>ATOM     23  C28  DPPC    1      15.849  57.273  23.685  1.00  0.00</div><div>ATOM     24  C29  DPPC    1      14.863  56.871  24.797  1.00  0.00</div><div>ATOM     25  C210 DPPC    1      15.354  55.818  25.560  1.00  0.00</div>
<div>ATOM     26  C211 DPPC    1      14.405  55.341  26.675  1.00  0.00</div><div><br></div></div><div>Now for atoms C210, C211 etc (with three no. after the element name) the pdb2gmx prints out following kind of warning</div>
<div><br></div><div><div>WARNING: atom C210 is missing in residue DPP 1 in the pdb file</div><div><br></div><div><br></div><div>WARNING: atom C211 is missing in residue DPP 1 in the pdb file</div><div><br></div><div>I am sure that it has to do with the way i am writing the pdb file (ie format) . I am sure that the pdb2gmx is actually detecting the right kind of molecule (DPPC) . But i cannot figure out how exactly to write my pdb file. </div>
<div><br></div><div>Thank you in advance</div><div>Amit</div></div>