<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META content="text/html; charset=us-ascii" http-equiv=Content-Type>
<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.6001.18812"></HEAD>
<BODY>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><FONT size=3><FONT 
face="Times New Roman">Dear gmx-users,<?xml:namespace prefix = o ns = 
"urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><FONT size=3 
face="Times New Roman">I&#8217;m trying to perform some REMD calculations<SPAN 
class=593555311-11092009> with GROMACS 4.0.5</SPAN>, and I found on the Wiki 
site these instructions:</FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><FONT size=3><FONT 
face="Times New Roman"><o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN>&nbsp;</P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><FONT size=3><FONT 
face="Times New Roman"><A 
href="http://oldwiki.gromacs.org/index.php/REMD">http://oldwiki.gromacs.org/index.php/REMD</A></FONT></FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><FONT size=3><FONT 
face="Times New Roman"><o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN>&nbsp;</P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><FONT size=3><FONT 
face="Times New Roman">that I&#8217;m trying to follow, but I encountered some 
problems.<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><FONT face="Times New Roman"><FONT 
size=3>If I understand well the instructions, if I want to perform replicas at N 
different temperatures, I have to create N different .mdp files and then N 
different .tpr files, that I should name &#8220;filename&#8221;_0, &#8220;filename&#8221;_1...<SPAN 
class=593555311-11092009> "</SPAN>filename&#8221;_N-1. That&#8217;s what I did: I created 16 
different .mdp files and 16 .tpr files that I called REMD_0.tpr. REMD_1.tpr 
REMD_2.tpr ... REMD_15.tpr. At this point, I have to launch the mdrun command 
with the &#8211;multi, -replex (optionally, -reseed) options.&nbsp;<SPAN 
class=593555311-11092009>Following the example in "Execution 
step",&nbsp;</SPAN>my command line should 
be:<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><o:p><FONT size=3 
face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><FONT size=3><FONT 
face="Times New Roman">mdrun &#8211;s REMD_.tpr &#8211;multi 16 &#8211;replex 1000 &#8211;deffnm 
REMD_<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>-np 
16<o:p></o:p></FONT></FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><o:p><FONT size=3 
face="Times New Roman">&nbsp;</FONT></o:p></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><FONT face="Times New Roman"><FONT 
size=3><SPAN class=593555311-11092009>That's what I did, but </SPAN>I 
experienced some difficulties on the parallel machines&nbsp;<SPAN 
class=593555311-11092009>that </SPAN>I&#8217;m using to perform simulations. In 
particular, I inserted the&nbsp;<SPAN class=593555311-11092009>above 
</SPAN>command into a script t<SPAN class=593555311-11092009>hat is used on the 
machine to</SPAN>&nbsp;launch&nbsp;<SPAN class=593555311-11092009>the 
</SPAN>program<SPAN class=593555311-11092009> in an interactive 
way</SPAN>,&nbsp;<SPAN class=593555311-11092009>but</SPAN> GROMACS returns an 
error saying that &#8220;cannot open file REMD_.tpr&#8221; (and in fact, the file REMD_.tpr 
does not exist, only files REMD_0.tpr, REMD_1.tpr etc do exist!)<SPAN 
class=593555311-11092009> I also retried launching the same command from the 
shell, but the error was the same.</SPAN></FONT></FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><FONT size=3><FONT 
face="Times New Roman">So my question is: how does GROMACS &#8220;understand&#8221; that it 
has to interpret &#8220;REMD_.tpr&#8221; not as a single file, but as a group of files 
indexed _0, _1, _2 and so on? Does it depend on the order of the options? Could 
you please give me some hints about?</FONT></FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><FONT size=3 
face="Times New Roman"><o:p><SPAN 
class=593555311-11092009></SPAN></o:p></FONT></SPAN>&nbsp;</P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><FONT size=3 
face="Times New Roman"><o:p><SPAN class=593555311-11092009>BTW, another problem: 
I tried to find solution searching in the oldwww.gromacs.org site, but I am 
still unable to consult the gmx-users archives using a keyword as it was 
possible in the past. How can I find information in the GROMACS 
archives?</SPAN></o:p></FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><FONT size=3 
face="Times New Roman"><o:p><SPAN 
class=593555311-11092009></SPAN></o:p></FONT></SPAN>&nbsp;</P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><FONT size=3 
face="Times New Roman"><o:p><SPAN class=593555311-11092009>Many thanks and 
regards</SPAN></o:p></FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN 
style="mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB><FONT size=3 
face="Times New Roman"><o:p><SPAN 
class=593555311-11092009>Anna</SPAN></o:p></FONT></SPAN></FONT></P></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 
face=Arial>____________________________________________________</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Anna Marabotti, Ph.D.</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Laboratory of Bioinformatics and 
Computational Biology</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Institute of Food Science, 
CNR</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Via Roma, 64</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>83100 Avellino (Italy)</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Phone: +39 0825 299651</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Fax: +39 0825 781585</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Email: <A 
href="mailto:anna.marabotti@isa.cnr.it">anna.marabotti@isa.cnr.it</A></FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Skype account: annam1972</FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>Web page: <A 
href="http://bioinformatica.isa.cnr.it/anna/anna.htm">http://bioinformatica.isa.cnr.it/anna/anna.htm</A></FONT></DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left><FONT size=2 face=Arial>"If you think you are too small to make 
a difference, try sleeping with a mosquito"</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>