Dear Gromacs users,<br>I have a homology model of a protein. Te N-terminal is an ASP residue. When I run the command <br>pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -ff G43a1 -p protein.top -i posre.itp<br>I get the following error-<br>
Atom HA in residue ASP 1 not found in rtp entry with 9 atoms<br>             while sorting atoms. Maybe different protonation state.<br>             Remove this hydrogen or choose a different protonation state.<br>             Option -ignh will ignore all hydrogens in the input.<br>
The protein looks alright in Sybyl. How to get this working? Thanks for the help.<br>Jaya<br>