Thanks for the help. With your suggestions I was able to center the molecule in the box.<br>Jaya.<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 14, 2009 at 2:57 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">jayalakshmi sridhar wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
I was under the impression that -box and -d should center the protein in the<br>
solvent box. It says in the manual- Center molecule in box (implied by -box<br>
and -d)<br>
Jaya<br>
</blockquote>
<br></div>
Yes, but they aren&#39;t meant to work in concert. Specifying both the size of the box and the distance between the solute and the edges of the box is only uniquely defined for a very lucky solute.<br><font color="#888888">
<br>
Mark<br>
<br>
</font><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5">
On Mon, Sep 14, 2009 at 2:12 PM, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
jayalakshmi sridhar wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear GROMACS Users,<br>
I am new to GROMACS. I am trying to solvate my protein in a octahedral<br>
box.<br>
I used the following commands after generating the initial .gro and .top<br>
files.<br>
$ editconf -f  1z10_groinit.gro -o 1z10_groinit.gro -box 8.5 -d 0.85 -bt<br>
octahedron<br>
 and then<br>
$ genbox -cp 1z10_groinit.gro -cs -o 1z10_groinit_b4em.gro -p<br>
1z10_groinit.top<br>
<br>
But when I visualize the solvated protein in VMD, I see that the protein<br>
is<br>
not centered in the box. All help is greatly appreciated. Thanks.<br>
Jaya.<br>
<br>
</blockquote>
Well you didn&#39;t tell it to center on the protein, so the result should be<br>
no particular surprise. Read editconf -h and genbox -h and see what you<br>
learn about how to center things. :-)<br>
<br>
Mark<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface<br>
or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
</blockquote>
<br>
<br></div></div>
------------------------------------------------------------------------<div class="im"><br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>