<DIV>Hello, Martin</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I complied fftw3.2.2 and gromacs4.0.5 on the Altix450 workstation again.</DIV>
<DIV>I use these commands:</DIV>
<DIV>not for parallel version</DIV>
<DIV>;for fftw3;</DIV>
<DIV>./configure --prefix=/opt/fftw3</DIV>
<DIV>make</DIV>
<DIV>make install</DIV>
<DIV>make distclean</DIV>
<DIV>export CPPFLAGS=-I/opt/fftw3/include</DIV>
<DIV>epxort LDFLAGS=-L/opt/fftw3/lib</DIV>
<DIV>for gromacs:</DIV>
<DIV>./configure --enable-float --prefix=/opt/fftw3</DIV>
<DIV>make</DIV>
<DIV>make install</DIV>
<DIV>;for gromacs;</DIV>
<DIV>./configure --disable-float --prefix=/opt/gmx</DIV>
<DIV>make </DIV>
<DIV>make install</DIV>
<DIV>=============================================</DIV>
<DIV>Have not briefed on mistake this time.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV dir=ltr>But the procedure still can't produce the output files .</DIV>
<DIV dir=ltr>&nbsp;</DIV>
<DIV>The both the size of '*.trr'&nbsp;and '*.edr' are 0 bit.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>And the md.log file&nbsp;end is:</DIV>
<DIV>=============================================<BR>++++ PLEASE READ AND CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++<BR>U. Essman, L. Perela, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee and L. G. Pedersen <BR>A smooth particle mesh Ewald method<BR>J. Chem. Phys. 103 (1995) pp. 8577-8592<BR>-------- -------- --- Thank You --- -------- --------</DIV>
<DIV>=============================================</DIV>
<DIV>The nohup.out file end in:</DIV>
<DIV>=============================================</DIV>
<DIV>Back Off! I just backed up md.log to ./#md.log.1#<BR>Reading file sysion_em.tpr, VERSION 4.0.5 (double precision)<BR>&nbsp;<BR>Back Off! I just backed up emtest.trr to ./#emtest.trr.1#<BR>&nbsp;<BR>Back Off! I just backed up ener.edr to ./#ener.edr.1#<BR>Steepest Descents:<BR>&nbsp;&nbsp; Tolerance (Fmax)&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 6.00000e+02<BR>&nbsp;&nbsp; Number of steps&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50000</DIV>
<DIV>&nbsp;=============================================</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>This&nbsp;problem is really too strange.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I have been perplexed for a long time by this question.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Who can help me ?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Best wishs</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Wenping Lv</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>